Το σπήλαιο της Αποκάλυψης βρίσκεται περίπου 2,2 χλμ. βορείως του οικισμού της Χώρας της Πάτμου (στο μέσον περίπου της απόστασης από το λιμάνι της Σκάλας προς τη Χώρα), λίγο χαμηλότερα από τη Μονή του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου, κοντά στη Πατμιάδα Σχολή.



Σύμφωνα με την παράδοση, μέσα σε αυτό, ο Ευαγγελιστής Ιωάννης δέχτηκε την Αποκάλυψη και την υπαγόρευσε στο μαθητή του Πρόχορο. Η αρχική διαμόρφωση του χώρου αποδίδεται στον όσιο Χριστόδουλο, κτήτορα της Μονής του Αγίου Ιωάννου. Σήμερα αποτελεί τον λατρευτικό πυρήνα του πολύπλοκου κτιριακού συγκροτήματος γνωστού ως «Μονή της Αποκάλυψης».



Στο ευρύχωρο άνοιγμα της σπηλιάς έχει διαμορφωθεί παρεκκλήσι του Αγίου Ιωάννου. Ο φυσικός βράχος σχηματίζει την οροφή και τις πλευρές του καθώς και την ανατολική πλευρά του ιερού βήματος στο οποίο έχουν λαξευτεί οι κόγχες της Πρόθεσης, του Διακονικού και η κεντρική κόγχη που χρησιμεύει ως Αγία Τράπεζα. Το Βήμα απομονώνεται από τον υπόλοιπο χώρο με ξύλινο τέμπλο κοσμημένο με σημαντικές μεταβυζαντινές εικόνες. Τα τοιχώματα του Βήματος και τις κόγχες κοσμούσαν κατά τους Μεσοβυζαντινούς χρόνους τοιχογραφίες που χρονολογούνται στα τέλη του 12ου αιώνα μ.Χ. Κεντρικό εικονογραφικό θέμα αποτελεί η παράσταση του Αγ. Ιωάννου που υπαγορεύει στον Πρόχορο την Αποκάλυψη.