Η θαυμάσια θέση, στην οποία βρίσκεται το χωριό του Μακρύ Γιαλού, τριαντατρία (33) νότια της Σητείας και πάνω στο Λυβικό πέλαγος, δεν ήταν δυνατό να αγνοηθεί από τους Μινωίτες, όπου άφησαν σημαντικά ίχνη κατοίκησης. Πρόκειται για μια μινωική έπαυλη που βρίσκεται στη θέση Πλακάκια του Μακρύ Γιαλού, δυτικά του σημερινού οικισμού, χρονολογείται στην ΥΜ Ιβ περίοδο (1480 - 1425 π.Χ.) και από αρχιτεκτονικής άποψης αποτελεί τη μικρογραφία ενός μινωικού ανακτόρου. Η έπαυλη η οποία βρίσκεται πολύ κοντά σε ένα όρμο, όπου πιθανότατα στη μινωική περίοδο υπήρχε λιμάνι, έλεγχε την αγροτική παραγωγή της παράλιας πεδιάδας αλλά και τις ναυτικές επιχειρήσεις της νότιας ακτής.

Στο μέσο του κτηριακού συγκροτήματος εμφανίζεται η μεγάλη κεντρική αυλή γύρω από την οποία διαμορφώνονται οι υπόλοιποι χώροι με πλακόστρωτα δάπεδα και τοίχους επιστρωμένους με κονίαμα, ενώ υπάρχει και δυτική αυλή. Έχει ισχυρούς εξωτερικούς τοίχους, αυλές, πολλά δωμάτια, κατώφλια, πλακόστρωτα δάπεδα και χώρους που ίσως λατρευόταν το ιερό δένδρο. Στη βόρεια και βορειοανατολική πλευρά της κεντρικής αυλής υπάρχει πεσσοστοιχία από έξι και πέντε πεσσούς αντίστοιχα, από τους οποίους σώζονται μόνο οι βάσεις και ορίζουν τη θέση ενός κτιστού βωμού που εντοπίστηκε στα βόρεια της αυλής. Η κύρια είσοδος της έπαυλης ήταν προς τα βόρεια, υπήρχε όμως άλλη μια προς τα δυτικά. Η οροφή ήταν καλυμμένη με καλάμια και πηλό με τη μέθοδο που ήταν σε χρήση μέχρι πρόσφατα στην κρητική αγροτική αρχιτεκτονική. Η έπαυλη καταστράφηκε από πυρκαγιά.

Από τα κινητά ευρήματα τα πιο σημαντικά ήταν πήλινα και λίθινα αγγεία, ειδώλια και ένας σφραγιδόλιθος από στεατίτη με παράσταση ιερού πλοίου, μιας ιέρειας και ενός ιερού φοινικόδενδρου στη μέση. Η αρχιτεκτονική, ο μικρός αριθμός οικιακών χώρων και η σπουδαιότητα των ευρημάτων, όπως ο σφραγιδόλιθος που απεικονίζει ένα ιερό πλοίο, μαρτυρούν το θρησκευτικό χαρακτήρα της έπαυλης που δεν αποκλείεται να αποτελούσε σημαντικό θρησκευτικό κέντρο της γύρω περιοχής.

Διάφορα τυχαία ευρήματα ήλθαν κατά καιρούς στην επιφάνεια, αλλά συστηματικές ανασκαφές ξεκίνησαν το 1971 από τον τότε Έφορο Αρχαιοτήτων Κωστή Δαβάρα ο οποίος στη θέση Πλακάκια, στα βορειοδυτικά του συνοικισμού, εντόπισε την ύπαρξη μιας σημαντικής μινωϊκής αγροικίας της Υστερομινωικής Εποχής. Οι έρευνες ολοκληρώθηκαν το 1977 και απόδειξαν ότι η αγρέπαυλη καταστράφηκε από φωτιά.