Το ''κτίριο Ε'', πήρε το συμβατικό όνομά του από τον πρώτο ανασκαφέα του χώρου Π. Καββαδία στα τέλη του 19ου αιώνα. Πρόκειται για ένα από τα πρωιμότερα ιερά κτίρια στο Ασκληπιείο της Επιδαύρου, μέσα στο οποίο συνεχίστηκε το τυπικό της λατρείας που ήδη τελούνταν στο Ιερό του Απόλλωνος Μαλεάτα. Η τελική του μορφή διαμορφώθηκε έπειτα από πολλές οικοδομικές φάσεις, η αρχαιότερη από τις οποίες σηματοδοτεί την έναρξη της λατρείας στο Ιερό του Ασκληπιού.

Κατά την πρώτη φάση, τον 6ο αιώνα π. Χ., δημιουργήθηκε ένας υπαίθριος βωμός από τη συσσωρευμένη τεφρά των θυσιαζόμενων ζώων και τα υπολείμματα της θυσίας ενώ σε μικρή απόσταση στα Βόρεια αυτού κατασκευάστηκε ένας μικρός ναΐσκος, του οποίου λείψανα διατηρούνται κάτω από τον μεταγενέστερο ίδιων διαστάσεων χώρο. Τα ευρήματα από το βωμό τέφρας δηλώνουν ότι σ΄ αυτόν τιμούσαν τον Απόλλωνα και τον Ασκληπιό μαζί. Στον 5ο αιώνα, ο βωμός και ο ναΐσκος ορίστηκαν από 2 αβαθείς στοές στα Ανατολικά και Βόρεια, οι οποίες εξυπηρετούσαν τους πιστούς ενώ στα Νότια κτίστηκε ένας απλός τοίχος. Απέναντί τους δημιουργήθηκε υπέργειος βωμός. Κατά τον 4ο αιώνα ανακατασκευάστηκε ο ναΐσκος με πώρινα μέλη. Από τα λείψανα στο δάπεδό του συμπεραίνουμε ότι διέθετε πτυσσόμενη τράπεζα αιματηρών προσφορών καθώς και παροχέτευση νερού για τον καθαρισμό του από τους ρύπους της τροφής. Την ίδια εποχή ο απλός τοίχος της Νότιας πλευράς διαμορφώθηκε σε στοά, πιθανόν διώροφη, ενώ το περίγραμμα του κτιρίου έκλεισε στα Δυτικά με μικρό μνημειώδες πρόπυλο. Αργότερα, τα χώματα του βωμού στο εσωτερικό της αυλής συγκρατήθηκαν με τοίχο τεθλασμένης γραμμής. Κατά τη ρωμαιοκρατία έγιναν άλλες μικρότερες αλλαγές.

Το κτίριο Ε φιλοξένησε αρχικά τη διπλή λατρεία του Απόλλωνα και του Ασκληπιού. Στον κεντρικό υπαίθριο χώρο τελούνταν οι αιματηρές θυσίες, ανάμεσα στις οποίες περιλαμβανόταν και η ολοκαύτησις, η θυσία δηλαδή του ζώου που καιγόταν εντελώς στο βωμό προς τιμήν του θεού. Η θυσία του ζώου, η προσφορά μέρους του στο θείο και η μετάληψη του υπολοίπου κρέατος από τους πιστούς, τους εξασφάλιζαν τη δύναμη και την ευλογία του ίδιου του θεού. Η διαδικασία του τελετουργικού γεύματος που περιγράφηκε, πραγματοποιούνταν στο χώρο γύρω από το βωμό καθώς και στις στοές που δημιουργήθηκαν σταδιακά.

Το κτίριο Ε βρίσκεται στο Ανατολικό άκρο της Ιερής πλατείας, ανάμεσα στο ναό του Ασκληπιού και το ναό της Αρτέμιδος. Τα στοιχεία που προέκυψαν από τις πρόσφατες συμπληρωματικές ανασκαφικές εργασίες επιβεβαίωσαν τη συνεχή χρήση του κτιρίου τουλάχιστον έως τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους (3ος αιώνας μ.Χ.). Τα τελευταία χρόνια και μετά την ολοκλήρωση τη έρευνας, τα ευπαθή τμήματα του οικοδομήματος καλύφθηκαν ώστε να προστατευθούν από τη φθορά.