Ο ναός αποτελούσε καθολικό διαλελυμένης σήμερα μονής. Πρόκειται για ένα από τα πιο αξιόλογα μνημεία της Κρήτης, όχι μόνο λόγω της ιδιότυπης αρχιτεκτονικής του και του ωραίο ανάγλυφου θυρώματός του, αλλά κυρίως λόγω του θαυμάσιου τοιχογραφικού του διακόσμου. Αποτελείται από δυο παράλληλα κλίτη, εκ των οποίων το βόρειο είναι αφιερωμένο στη Θεοτόκο Οδηγήτρια και το νότιο στον Ιωάννη τον Πρόδρομο, ένα εγκάρσιο κλίτος αφιερωμένο στον Άγιο Φανούριο και ένα νάρθηκα στα δυτικά. Τα κλίτη οικοδομήθηκαν σε διαφορετικές περιόδους. Παλαιότερο είναι το βόρειο, γιατί η μονή στα αρχαιότερα έγγραφα αναφέρεται ως Chiesa della Madonna di Varsamonero (ναός Παναγίας Βαρσαμονέρου). Η προσθήκη του νοτίου κλίτους με τη διάνοιξη τόξων, στα 1400, επέφερε αλλαγές στο διάκοσμο του βορείου κλίτους, με την προσθήκη τοιχογραφιών που εκτελέστηκαν το 1407. Ο διάκοσμος του νοτίου κλίτους εκτελέστηκε στο διάστημα από το 1407 ως το 1428. Το εγκάρσιο κλίτος ανεγέρθηκε το 1423 και τοιχογραφήθηκε το 1431 από τον κρητικό ζωγράφο Κωνσταντίνο Ειρίκο.

Ο ναός είναι κατάγραφος με τοιχογραφίες υψηλής ποιότητας, που εκτελέστηκαν σταδιακά και εκφράζουν τις επιμέρους καλλιτεχνικές τάσεις διαφορετικών ζωγράφων, που όμως εντάσσονται στην ίδια καλλιτεχνική παράδοση της περιόδου από τα τέλη του 14ου ως τις πρώτες δεκαετίες του 15ου αι., η οποία συμπίπτει με την έναρξη καθόδου στην Κρήτη κωνσταντινουπολιτών λογίων και ζωγράφων.

Οι τοιχογραφίες του βόρειου κλίτους, που είναι και οι αρχαιότερες, με τις παραστάσεις των 24 Οίκων του Ακαθίστου Ύμνου, εντάσσονται στον ευρύτερο κύκλο της επαρχιακότερης παλαιολόγειας ζωγραφικής των τελευταίων δεκαετιών του 14ου αι.

Οι παραστάσεις του ευαγγελικού και μαριολογικού κύκλου τοποθετήθηκαν στην καμάρα του Βήματος κατά τη νέα τοιχογράφηση που αντικατέστησε την κατεστραμμένη από τη διάνοιξη των τόξων του νοτίου κλίτους αρχική τοιχογράφηση. Στην ανώτερης ποιότητας ζωγραφική της κόγχης αναβιώνουν τρόποι της πρωιμότερης παλαιολόγειας ζωγραφικής που χαρακτηρίζουν τις τελευταίες δεκαετίες του 14ου αι. Η σωματικότητα των μορφών στην παράσταση της Κοινωνίας των Αποστόλων τονίζεται από την πλατιά πτυχολογία, τα πλούσια συμιπληρωματικά χρώματα και τα λευκά φώτα στα πρόσωπα, ο ρυθμός όμως της σύνθεσης είναι συγκρατημένος. Σε παραστάσεις όπως εκείνη των Εισοδίων διαπιστώνεται σε μεγαλύτερη βαθμό η επικράτηση της κλασικιστικής παράδοσης της κωνσταντινουπολίτικης ζωγραφικής, ιδιαίτερα στην καλύτερη οργάνωση της σύνθεσης και την κομψή ρυθμική κίνηση των ωραίων ραδινών μορφών.

Τα χαρακτηριστικά μιας τέχνης που τείνει στη δημιουργία ενός ύφους ευγένειας και ομορφιάς είναι εντονότερα στη λίγο μεταγενέστερη μεγάλη σύνθεση της Κοίμησης της Θεοτόκου που μαζί με ολόσωμες μορφές αγίων επικάλυψε τις αρχικές τοιχογραφίες του βόρειου πλάγιου τοίχου.

Ένα άλλο σημαντικό σύνολο αποτελεί ο διάκοσμος του νοτίου κλίτους, τόσο από την άποψη του εικονογραφικού προγράμματος όσο και της εξέλιξης της τεχνοτροπίας καθώς υλοποιήθηκε σταδιακά και από διαφορετικούς ζωγράφους κατά το διάστημα από το 1407 ως το 1428. Οι ογκώδεις, ζωηρά κινημένες μορφές στις παραστάσεις από τον κύκλο των Παθών, που κοσμούν το ημιθόλιο του Βήματος και χρονολογούνται στα 1407, διατηρούν στοιχεία της πρωιμότερης παλαιολόγειας ζωγραφικής παράδοσης. Όμως ο κλασικισμός και η υψηλή ποιότητα της εκτέλεσης στις παραστάσεις της Σταύρωσης και του Επιτάφιου Θρήνου στο βόρειο και ανατολικό τοίχο μαρτυρούν τη διείσδυση της κωνσταντινουπολίτικης τέχνης της εποχής που μεταφέρουν οι πρόσφυγες καλλιτέχνες. Στα 1428 χρονολογούνται οι 20 παραστάσεις του Συναξαρίου του Προδρόμου στο δυτικό τοίχο. Στις τοιχογραφίες αυτές είναι ήδη εμφανής η τάση μιας πιο ακαδημαϊκής απόδοσης των παλαιότερων παλαιολόγειων προτύπων. Ιδιαίτερα ενδιαφέρουσα είναι η εξαιρετικά πολυπρόσωπη μεγάλη παράσταση της Βρεφοκτονίας πάνω από τη θύρα.

Σημαντική επίσης είναι η εικονογράφηση του συναξαρίου του Αγίου Φανουρίου στο εγκάρσιο κλίτος, που εκτελέστηκε από τον Κωνσταντίνο Ειρίκο (Ειρινικό) στα 1431 και η φιλοτέχνηση δυο εικόνων του Αγίου από τον φημισμένο ζωγράφο Άγγελο.