Η Μονή της Κυρίας των Αγγέλων του Γδερνέτου, ή Γουβερνέτου, όπως ονομάζεται σήμερα, κτίστηκε πάνω σε ένα μικρό οροπέδιο της οροσειράς του Σταυρού, κοντά στη Μονή της Αγίας Τριάδας των Τζαγκαρόλων (βλ. λήμμα), μεταξύ του 1537 και 1548. Το 1621 αναλαμβάνει προσωρινά ηγούμενος ο Ιερεμίας Τζαγκαρόλος, που φρόντισε για την ανασυγκρότηση της Μονής με την εντολή των ενετικών αρχών. Η Μονή πέρασε σοβαρές δυσκολίες στα χρόνια της Τουρκοκρατίας, παρέμεινε ωστόσο σε λειτουργία μέχρι σήμερα. Τελευταία καταβάλλεται από την οικεία Μητρόπολη Κυδωνίας και Αποκορώνου έντονη προσπάθεια για την αναδιοργάνωσή της.

Πρόκειται για ένα ορθογώνιο συγκρότημα με φρουριακή μορφή, την οποία τονίζουν οι τέσσερις πύργοι στις γωνίες, η "καταχύστρα" πάνω από τη χαμηλή είσοδο της Μονής και τα μικρά εξωτερικά ανοίγματα. Η κλίμακα επίσης των κτισμάτων είναι μικρή και επικρατούν τα όψιμα υστερογοτθικά στοιχεία. Αντίθεση στο όλο συγκρότημα αποτελεί το νέο καθολικό στο μέσο και προς τα ανατολικά της αυλής, που έκτισε περί το 1621 ο Ιερεμίας Τζαγκαρόλος, ακολουθώντας το πρότυπο της γειτονικής Μονής της Αγίας Τριάδας. Το νέο καθολικό κτιζόταν με σταδιακή κατεδάφιση του αρχικού μονόχωρου, καμαροσκέπαστου και δεν είχε ολοκληρωθεί όταν το 1645, οι Τούρκοι κατέλαβαν την περιοχή των Χανίων, όπως φαίνεται από σχέδια του ρώσου μοναχού Βασιλείου Barskij το 1745. Είναι κτισμένο στον αρχιτεκτονικό τύπο του τρίκογχου με τρούλο, πρόθεση και διακονικό. που επιχωριάζει στη περιοχή των Χανιών. Το νέο καθολικό της Μονής Γουβερνέτου ακολουθεί τα πρότυπα του εκείνου της γειτονικής Μονής των Τζαγκαρόλων, που κτιζόταν επίσης την ίδια εποχή και από τον ίδιο κτήτορα. Εντυπωσιακή είναι η μανιεριστική πρόσοψη με τις "μορφάζουσες μάσκες" και τον πλούσιο γλυπτό διάκοσμο, που ολοκληρώθηκε το 1894 με το νάρθηκα και τα παρεκκλήσια.

Από την ίδρυσή της η Μονή Γουβερνέτου φαίνεται ότι συνδέεται με τη λατρεία του Αγίου Ιωάννη του Ερημίτη, τοπικού αγίου, που έζησε κατά τον 16ο αιώνα στην ευρύτερή της περιοχή. Στα τέλη του 16ου αιώνα η Μονή φροντίζει, εξαιτίας της μεγάλης αύξησης του αριθμού των προσκυνητών του Αγίου, να κτίσει ναό και κτίσματα, τα οποία αργότερα επεκτείνει, κοντά στη σπηλιά που έζησε ο Ερημίτης. Το συγκρότημα αυτών των κτηρίων είναι γνωστό ως Καθολικό. Το συγκρότημα του Καθολικού, που φιλοξενούσε τους προσκυνητές κοντά στον τόπο άθλησης του αγίου, καθώς είναι κτισμένο στον πυθμένα ενός άγριου φαραγγιού, αποτελεί ένα εντυπωσιακό δείγμα προσαρμογής της αρχιτεκτονικής στο φυσικό περιβάλλον, με την εντυπωσιακή γέφυρα-πλατεία, μπροστά από το κτισμένο σε σπηλιά ναό του Ερημίτη. Στη διαδρομή προς το Καθολικό υπάρχουν τα γραφικά μικρά Μετόχια του Αγίου Αντωνίου και της Παναγίας Αρκουδιώτισας, με τους ναούς μέσα σε σπήλαια. Το σπήλαιο της Αρκουδιώτισας είχε χρησιμοποιηθεί κατά την αρχαιότητα ως λατρευτικός χώρος.

Στο μικρό Μουσείο της Μονής Γουβερνέτου σώζονται λίγες εικόνες από το 15ο μέχρι τον 19ο αιώνα, χειρόγραφα, βιβλία, άμφια και άλλα κειμήλια, μεταξύ των οποίων η εξαίρετης τέχνης εικόνα της Παναγίας Γλυκοφιλούσας, των μέσων του 15ου αιώνα. Τα βημόθυρα με τις παραστάσεις της Έγερσης του Λαζάρου, της Κοίμησης του Αγίου Ιωάννη του Ερημίτη και του Αγίου Σισώη, από το κατεδαφισμένο σήμερα παρεκκλήσιο του Αγίου Προκοπίου, και άλλες νεώτερες εικόνες του τοπικού αγίου, δείχνουν ότι ο εικονογραφικός τύπος με το βίο του δημιουργήθηκε στη Μονή Γουβερνέτου, όπως εξάλλου και η Ακολουθία του, για την οποία φρόντισε ο ηγούμενος Ιωάσαφ Καπετανάκης-Γαβαλάς.