Tο αρχοντικό Νικολαΐδη, αστικό κτίσμα οικοδομημένο τμηματικά κατά τον 17ο-18ο αιώνα, βρίσκεται στο βορειοανατολικό τμήμα της Χώρας Πάτμου και διαρθρώνεται σε δύο ορόφους. Διατηρεί μορφολογικά και κατασκευαστικά χαρακτηριστικά που συναντώνται στα σπίτια της Πάτμου, όπως είναι τα λαξευτά «μαντώματα?, δηλαδή τα λίθινα πλαίσια των θυρών και των παραθύρων, αλλά και κάποια ιδιαίτερα, όπως τα δύο γοτθικού τύπου δίλοβα παράθυρα του ορόφου.

H πρόσοψη του αρχοντικού προς τον δρόμο είναι ενιαία, με δύο κύριες εισόδους που οδηγούν σε αντίστοιχες ημιυπαίθριες αυλές. Στον κάτω όροφο είναι συγκεντρωμένοι οι αποθηκευτικοί χώροι, αυτοί της παρασκευής φαγητού, όπως το λεγόμενο «φουρναριό?, φύλαξης των τροφίμων και αποθήκευσης της σοδειάς. Ένα ιδιαίτερα σπάνιο στοιχείο είναι το ιδιωτικό παρεκκλήσι, που ενσωματώνεται στην κάτοψη του σπιτιού. Tο μονόχωρο, καμαροσκέπαστο αυτό ναΰδριο ήταν αφιερωμένο στον άγιο Νικόλαο. Στο ισόγειο βρίσκονται και οι στέρνες που συγκέντρωναν το νερό της βροχής. Πρόκειται για υπόγειες, κατά το μεγαλύτερο μέρος τους, κατασκευές, απαραίτητες σε κάθε πατμιακό σπίτι, μιας και στο νησί υπάρχει ανομβρία και έλλειψη φυσικών πηγών. Στον όροφο οδηγούν τρεις κλίμακες. Εκεί είναι διατεταγμένοι οι χώροι για την κατάκλιση, ο «ύπνος? όπως ονομάζεται στην Πάτμο, το επίσημο δωμάτιο για την υποδοχή των επισκεπτών, η «σάλα? ή «νοντάς?, και οι «πάνω αυλές?, μεγάλες βεράντες που διευκόλυναν την επικοινωνία μεταξύ των χώρων του ορόφου.

Ένα από τα εντυπωσιακότερα στοιχεία που διασώζονται στο αρχοντικό είναι ο «αμπάταρος?, το περίπλοκο ξύλινο αντικείμενο που είχε διπλή λειτουργία, ως αποθηκευτικός χώρος και ως διαχωριστικό της «σάλας? από τον «ύπνο?. Αποτελούσε χαρακτηριστικό γνώρισμα της διαρρύθμισης των πλούσιων πατμιακών οικιών, κατά τον 18ο και 19ο αιώνα, και η δυσκολία της κατασκευής, αλλά και η περίτεχνη διακόσμησή του τον καθιστούσε αντικείμενο μεγάλης αξίας και κοινωνικής προβολής. H κυρίως όψη του φέρει ζωγραφική και ξυλόγλυπτη διακόσμηση, η οποία εκφράζεται με περισσή επιμέλεια στο «ταβλοσάνιδο?, στην κορνίζα δηλαδή από όπου ήταν αναρτημένες οι κουρτίνες που απομόνωναν το κρεβάτι του ζευγαριού. Έφιππες μορφές που κυνηγούν με τη συνοδεία σκυλιών, πλαισιωμένες από διάφορα πτηνά (αετό, παγώνι, κουκουβάγια), αλλά και τον μυθικό μονόκερω, συνθέτουν μια παράσταση γοητευτική, αποδοσμένη με έντονα, λαμπερά χρώματα, που φανερώνει ζωγράφο με ικανότητες.

Μετά τον σεισμό του 1956, το αρχοντικό υπέστη σοβαρές ζημιές και από τότε δέχθηκε μεγάλης κλίμακας επεμβάσεις, ώστε να έλθει όσο το δυνατόν πιο κοντά στην αρχική του μορφή. Σκοπός της έκθεσης που φιλοξενείται σε αυτό είναι οι κάτοικοι και οι επισκέπτες του νησιού να έλθουν σε επαφή με τα αρχοντικά και τον τρόπο ζωής των ανθρώπων που ζούσαν εδώ και να γνωρίσουν την ιστορία του νησιού από τα προϊστορικά έως τα νεώτερα χρόνια, μέσα από αρχαιολογικά ευρήματα και πληροφοριακό υλικό. Ο ολοκληρωμένος χαρακτήρας του αναδεικνύεται και από τη φιλοξενία δραστηριοτήτων σχετικών όχι μόνον με το αρχαιολογικό και ιστορικό παρελθόν του τόπου, αλλά και με τη σύγχρονη πολιτιστική ζωή της Πάτμου.