Η Μονή Σταυρονικήτα είναι μία από τις πιο μικρές σε έκταση μονές του Αγίου Όρους, αλλά με παραδοσιακή αρχιτεκτονική με το καθολικό του Αγίου Νικολάου στο κέντρο, την Tράπεζα στον πρώτο όροφο της νότιας πτέρυγας. Διαθέτει πολλά παρεκκλήσια και κτιστό υδραγωγείο, που μεταφέρει το νερό στη μονή. Νότια του καθολικού υψώνεται ο οχυρωματικός πύργος, ενώ γύρω από τη μονή υπάρχουν πολλά βοηθητικά κτήρια και ο αρσανάς.

Το μοναστήρι κτίστηκε από τον πατριάρχη Ιερεμία Α΄ το 1540, σε θέση παλαιότερης μονής, που υπήρχε ήδη στις αρχές του 11ου αι. Στα έργα αυτά του πατριάρχη περιλαμβάνεται, τόσο το καθολικό με τις τοιχογραφίες του όσο και η τράπεζα και το παρεκκλήσι του Προδρόμου με τις τοιχογραφίες τους. Νεότερες επισκευές έγιναν στο 18ο αι. και στις μέρες μας.

Διαθέτει πλούσια βιβλιοθήκη με σπάνια εικονογραφημένα χειρόγραφα και λειτουργικά ειλητάρια. Εκτός από τις τοιχογραφίες του καθολικού και της τράπεζας, έργο του μεγάλου κρητικού ζωγράφου του 16ου αι., Θεοφάνη, υπάρχει και μία σειρά εικόνων, που αποδίδονται σε αυτόν. Από τις άλλες εικόνες ξεχωρίζει η ψηφιδωτή εικόνα του Αγίου Νικολάου, ένα από τα σπάνια δείγματα στο είδος της, και μία εικόνα του ζωγράφου Μιχαήλ Δαμασκηνού, του β' μισού του 16ου αι., με την παράσταση του Προφήτη Ηλία.

Τα τελευταία χρόνια η μονή ανακαινίσθηκε σχεδόν εξ' ολοκλήρου από την Αρχαιολογική Υπηρεσία. Κατοικείται από μεγάλη και δραστήρια μοναχική αδελφότητα, η οποία μεριμνά για τη συντήρηση των κτηρίων, αλλά και την εξυπηρέτηση των προσκυνητών και επιστημόνων.