Σημαντικότατο ρόλο στη μινωική θρησκεία έπαιζαν διάφορα σπήλαια στην Κρήτη που αποτέλεσαν τους αρχαιότερους χώρους λατρείας. Τα σπήλαια ήταν κατά κύριο λόγο κέντρα της λαϊκής θρησκείας. Σύμφωνα με τις αρχαίες πηγές σπουδαίες θεές βρήκαν καταφύγιο σε σπήλαια και νεαροί θεοί γεννήθηκαν εκεί. Διάφορα αναθήματα, εν μέρει πλούσια και σπουδαία, αφιερώθηκαν από τους πιστούς. Οι σταλακτίτες και οι σταλαγμίτες με τις παράξενες μορφές τους, οι οποίες στο βαθύ σκοτάδι των σπηλαίων και κάτω από το αμυδρό φως των λαμπών γίνονταν ακόμη πιο φανταστικές, επηρέαζαν και δημιουργούσαν κατάνυξη στους πιστούς.

Ένα από τα σημαντικά σπήλαια ήταν αυτό της Ειλειθυίας, το οποίο βρίσκεται 7 χλμ. ανατολικά του Ηρακλείου, κοντά στην Αμνισό. Αναπτύσσεται στις ανατολικές παρειές της κοιλάδας του ποταμού Καρτερού, στην ενδοχώρα. Η ανάπτυξη του είναι επιμήκης με κατεύθυνση Α-Δ και μέγιστες διαστάσεις 64 x 9 x 4,5.Το συγκεκριμένο σπήλαιο ξεκίνησε ως τόπος διαμονής προϊστορικών ανθρώπων, ενώ κατά την 3η χιλιετία εξελίχθηκε σε τόπο μινωικής λατρείας. Από τότε συνέχισε τη διαχρονική πορεία του μέχρι και τον 5ο - 6ο αι. μ.Χ. Αποτελεί έναν από τους ιερότερους θρησκευτικούς τόπους, καθώς κατάφερε να επιζήσει δύο πολιτισμών (μινωικός, ελληνικός) και τριών θρησκειών (μινωική, μυκηναϊκή, δωδεκάθεο του Ολύμπου) και να διατηρήσει τη σπουδαιότητά του. Η Ειλειθυία είναι η θεά των τοκετών και το σπήλαιο αυτό ήταν ο κυριότερος τόπος της λατρείας της. Τη γέννησε η θεά Ήρα μέσα σ' αυτό το σπήλαιο σύμφωνα με την παράδοση, όπως αναφέρει ο Όμηρος (τ 188). Tα ευρήματα μαρτυρούν συνεχή χρήση του σπηλαίου από τη Nεολιθική μέχρι και την ύστερη Pωμαϊκή περίοδο. Συστηματική ήταν η χρήση του κυρίως την Nεολιθική, Mινωική και Pωμαϊκή περίοδο. Επίσης εντοπίστηκαν ίχνη λατρείας των παλαιοχριστιανικών χρόνων (5ος αιώνας).

Το σπήλαιο έχει μήκος 62,3 μ. (ανατολικά-δυτικά) και η είσοδος του βρίσκεται στα ανατολικά. Το πλάτος του φτάνει μέχρι τα 12 μ. Eσωτερικά υπήρχε ορθογώνιο δωμάτιο ("θυρωρείο σπηλαίων") και ένας ορθογώνιος περίβολος ο οποίος περικλείει κυλινδρικούς σταλαγμίτες (βωμός ή σηκός;). Η ''Πλατεία των βωμών'' βρίσκεται ακριβώς έξω από το σπήλαιο και χρησίμευε πιθανόν για τελετουργικούς σκοπούς. Εδώ αποκαλύφθηκαν κτήρια του 14ου-13ου αι. π.X. που ερμηνεύτηκαν από τον ανασκαφέα ως κατοικίες ιερέων.

Το σπήλαιο ανακαλύφθηκε από τον Ι. Χατζηδάκη to 1885, ο οποίος το ταύτισε με το Ομηρικό σπήλαιο λατρείας της θεάς των τοκετών Ειλειθυίας. Οι ανασκαφές υπό τον Μαρινάτο κατά τα έτη 1929-1938 πιστοποιούν την χρήση του κατά την Νεολιθική, Πρώιμη, Μέση και Ύστερη Μινωική και Γεωμετρική περίοδο.