Η περιοχή της Κωπαΐδας αποτελεί φυσική λεκάνη που δημιουργήθηκε από τεκτονικά αίτια. Συγκεντρώνει τα νερά των ποταμών Βοιωτικού Κηφισού και Μέλανος που πηγάζουν από βουνά της Στερεάς Ελλάδας και την κατέστησαν λίμνη για μεγάλο διάστημα της αρχαιότητας. Στους ασβεστολιθικούς όγκους που την περιβάλλουν και στο επίπεδο της άλλοτε λίμνης, διανοίγονται πολυάριθμα σπήλαια, βραχοσκεπές και καταβόθρες, τα οποία καταγράφηκαν στο πλαίσιο επιφανειακής έρευνας που διενήργησε υπό τον Α. Σάμψων η Εφορεία Παλαιοανθρωπολογίας-Σπηλαιολογίας τη δεκαετία του 1990.



Το Σπήλαιο Σαρακηνού είναι το μεγαλύτερο της Κωπαΐδας και το μόνο σε μεγάλο ύψος (περίπου 80 μ.) πάνω από το επίπεδό της, και συγκεκριμένα στα βραχώδη πρανή που την ορίζουν από τα ανατολικά. Βρίσκεται περίπου στο 102ο χλμ. της Εθνικής Οδού Αθηνών-Λαμίας, 1,5 χλμ. από τον οικισμό του Ακραιφνίου, περίπου 26 χλμ. νοτιοδυτικά του Ορχομενού. Αποτελείται από μία ευμεγέθη αίθουσα, στην οποία οδηγεί μεγάλη είσοδος που δεσπόζει επί της κωπαϊδικής λεκάνης και προσφέρει απεριόριστη ορατότητα έως τον Παρνασσό. Όπως και τα άλλα σπήλαια της Κωπαΐδας, είχε και αυτό χρησιμοποιηθεί επί μακρόν στα νεότερα χρόνια για σταυλισμό ζώων. Από τη δεκαετία του 1990 έχει ενταχθεί σε ερευνητικό πρόγραμμα υπό τη διεύθυνση του Α. Σάμψων, αρχικά με φορέα την Εφορεία Παλαιοανθρωπολογίας-Σπηλαιολογίας και στη συνέχεια το Πανεπιστήμιο Αιγαίου, ενώ σύντομη ανασκαφή είχε διεξαγάγει και η τοπική Εφορεία Αρχαιοτήτων στις αρχές της δεκαετίας του 1970.



Η συστηματική έρευνα του Σπηλαίου Σαρακηνού κατέδειξε την εντατική και αδιάκοπη χρήση του από τον άνθρωπο σε όλες τις φάσεις της προϊστορίας, από την Ανώτερη Παλαιολιθική και τη Νεολιθική έως και την Εποχή του Χαλκού. Κατά την Παλαιολιθική περίοδο και έως πριν τη Νεολιθική (20 χιλιάδες χρόνια πριν από σήμερα έως 8η χιλιετία π.Χ.), το σπήλαιο χρησιμοποιούνταν από κυνηγούς και τροφοσυλλέκτες, οι οποίοι κατασκεύαζαν εργαλεία από εισαγμένο πυριτόλιθο και θήρευαν μικρά θηλαστικά. Στη Νεολιθική περίοδο (7η έως 4η χιλιετία π.Χ.) το σπήλαιο φιλοξενεί εντατικές δραστηριότητες, ακόμα και στο ύστατο τμήμα της, κατά το οποίο συχνά εμφανίζεται ερήμωση στην υπόλοιπη Ελλάδα. Οι νεολιθικές ομάδες είχαν διαμορφώσει επιμέρους χώρους, δάπεδα, λάκκους και εστίες στο σπήλαιο, για να εξασφαλίσουν τη διαμονή, τροφοπαρασκευή, αποθήκευση και τον σταυλισμό ζώων, καθώς και για να στεγάσουν τεχνολογικές εργασίες, όπως η αγγειοπλαστική, λιθοτεχνία, οστεοτεχνία, υφαντουργία και κατασκευή λίθινων χανδρών. Πλήθος διατροφικών καταλοίπων από οικόσιτα ζώα, θηράματα, πουλιά, αλιεύματα και οστρακοειδή, καρπούς και καλλιεργημένα φυτά δηλώνουν το εύρος των διαθέσιμων πόρων. Ειδικά κατά την 5η χιλιετία π.Χ. οι χρήστες του σπηλαίου επιδίδονται σε συστηματική απόθεση ειδωλίων, πράγμα που ενδεχομένως συνδέεται με άσκηση τελετουργικών δραστηριοτήτων. Οι ενταφιασμοί και τα διάσπαρτα ανθρώπινα οστά υποδηλώνουν και τη σημασία του σπηλαίου ως ταφικού χώρου.



Στην Ύστερη, Μέση (2η χιλιετία π.Χ.) και Πρώιμη (3η χιλιετία π.Χ.) Εποχή του Χαλκού οι ντόπιοι πληθυσμοί, που έχουν έντονη παρουσία στην Κωπαΐδα και ιδιαίτερα στον κοντινό Ορχομενό, εγκαθιστούν πλήθος δραστηριοτήτων τους και στο σπήλαιο. Ξεχωρίζουν οι καύσεις, τα μετάλλινα εργαλεία, η συγκέντρωση καρπών, τα κατάλοιπα ταφών, τα οποία καθιστούν τη θέση σπάνια περίπτωση τεκμηρίωσης των δραστηριοτήτων των ανθρώπων της Εποχής του Χαλκού σε σπήλαιο.



Το σπήλαιο έχει δύσκολη πρόσβαση και δεν αποτελεί οργανωμένο αρχαιολογικό χώρο. Επιλεγμένα ευρήματά του εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Θηβών.