Περίπου 300 μ. βορειοανατολικά του φρουρίου του Φραγκοκάστελλου, βρίσκεται ο μικρός μονόχωρος ναός του Αγίου Νικήτα. Είναι κτισμένος πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής, τοίχοι της οποίας και το ψηφιδωτό της δάπεδο διατηρούνται γύρω από το ναό. Η βασιλική χρονολογείται στο δεύτερο μισό του 6ου αιώνα, περίοδο κατά την οποία τα νότια παράλια του νησιού ακμάζουν. Κατά την ανασκαφή της βασιλικής διαπιστώθηκε ότι οι τοίχοι της σώζονται σε αρκετό ύψος κάτω από την επιφάνεια, γεγονός που δείχνει ότι ο ναός εγκαταλείφθηκε και παρήκμασε σταδιακά γύρω στα μέσα του 7ου αιώνα, εποχή κατά την οποία ξεκινούν οι αραβικές επιδρομές. Όπως διαπιστώνεται, αρχιτεκτονικά μέλη από τη βασιλική χρησιμοποιήθηκαν για την οικοδόμηση του φρουρίου.

Η βασιλική του Αγίου Νικήτα είναι τρίκλιτη, συνολικού μήκους περίπου 26μ. Ανατολικά απολήγει σε ημικυκλική αψίδα και νότια σε νάρθηκα. Το ανατολικό τμήμα του νότιου κλίτους δεν έχει ανασκαφεί, ενώ ένα μεγάλο τμήμα του έχει καταστραφεί. Το ιερό βήμα καταλαμβάνει το ανατολικό τμήμα του μεσαίου κλίτους. Επικοινωνούσε με μικρά ορθογώνια παστοφόρια, από τα οποία σώζεται μόνο το βόρειο.

Το μεσαίο κλίτος ορίζεται από πολύ χαμηλούς κτιστούς στηλοβάτες, οι οποίοι διακόπτονται σε απόσταση περίπου 3,50 μ. από το δυτικό τοίχο του ναού. Αυτό οδηγεί στο συμπέρασμα ότι ίσως εκεί να υπήρχε ένα είδος εσωνάρθηκα.

Το δάπεδο της βασιλικής καλυπτόταν από ψηφιδωτό, το οποίο διατηρείται στο μεγαλύτερο μέρος του σε πολύ καλή κατάσταση. Έχει καταστραφεί μόνο στο ανατολικό μέρος του νότιου κλίτους και στο χώρο του ιερού. Στο δάπεδο κυριαρχεί ο γεωμετρικός διάκοσμος, αλλά και παραστάσεις με ζώα, όπως η παράσταση του τράγου ανάμεσα σε βλαστούς στο βόρειο κλίτος. Τα σχέδια του δαπέδου της βασιλικής του Αγίου Νικήτα συνθέτουν ένα ενδιαφέρον σύνολο που διαφοροποιείται από την καθιερωμένη παράσταση των ψηφιδωτών της Κρήτης, το οποίο όμως τεχνοτροπικά δεν ξεφεύγει από τα επαρχιακά έργα των μέσων του 6ου αιώνα.

Στο χώρο του ιερού βήματος της βασιλικής είναι χτισμένος ο μονόχωρος ναός του Αγίου Νικήτα. Για την κατασκευή του έχουν χρησιμοποιηθεί αρχιτεκτονικά μέλη από τη βασιλική, όπως οι δύο μαρμάρινοι κίονες που έχουν εντοιχιστεί στο μέσο των πλάγιων τοίχων. Ως δάπεδο του ναού χρησιμοποιήθηκε το αρχικό ψηφιδωτό. Ο ναός έφερε τοιχογραφικό διάκοσμο, ο οποίος σήμερα κατά το μεγαλύτερο μέρος του είναι καλυμμένος ή εντελώς κατεστραμμένος. Μπορεί όμως κάποιος να διακρίνει ίχνη από την Κοίμηση της Θεοτόκου στο βόρειο τοίχο και την Ανάληψη στην καμάρα του Ιερού. Σύμφωνα με τις τοιχογραφίες ο ναός χρονολογείται στο δεύτερο μισό του 13ου αιώνα. ?????