Το σπήλαιο της Δράκαινας βρίσκεται στη νότια πλευρά του φαραγγιού του Βόχυνα και σε απόλυτο υψόμετρο 70 μ. Η δημιουργία του σπηλαίου οφείλεται τόσο σε τεκτονικές διαδικασίες όσο και σε χημική διάβρωση του μητρικού ασβεστολιθικού πετρώματος. Στη σημερινή του μορφή δίνει την εικόνα βραχοσκεπής με εμβαδόν 190 τ.μ. και έχει βορειοδυτικό προσανατολισμό. Μία σειρά από στοιχεία (π.χ. κατακρημνήσεις της οροφής, παρουσία σταλακτιτών) υποδηλώνουν ότι στο παρελθόν το καρστικό έγκοιλο ήταν κλειστό.

Στις στρωματογραφημένες επιχώσεις του σπηλαίου διασώζονται κατάλοιπα της προϊστορικής εποχής (Νεώτερη Νεολιθική ΙΙ, Πρωτοελλαδική Ι και ΙΙ) και ιστορικών περιόδων (υστεροαρχαϊκή και ελληνιστική). Το τέλος της προϊστορικής χρήσης ανάγεται σύμφωνα με τις C14 χρονολογήσεις στα 4543+140BP. Η ανθρώπινη δραστηριότητα διακόπτεται για διάστημα 2000 έτη έως περίπου τα τέλη του 6ου αι. π.Χ. Παράλληλα αξιοσημείωτη είναι και η αλλαγή της χρήσης του σπηλαίου. Κατά την προϊστορική εποχή χρησιμοποιείται ως χώρος ημιμόνιμης εποχιακής εγκατάστασης στα πλαίσια κτηνοτροφοπαραγωγικής οικονομίας, ενώ κατά τους ιστορικούς χρόνους αποτέλεσε χώρο ιερό, πιθανώς συνδεδεμένο με τη λατρεία των Νυμφών.

Η αρχαιολογική έρευνα άρχισε το 1992 ως σωστική ανασκαφή, ύστερα από περιορισμένης έκτασης λαθρανασκαφή. Συνεχίζεται αδιάλειπτα μέχρι σήμερα και από το 1994 ως συστηματική ανασκαφή. Η ανασκαμμένη έκταση είναι περίπου 55 τ.μ., ενώ το ερευνημένο βάθος των επιχώσεων είναι 2-4 μ., χωρίς να έχει εντοπισθεί ακόμη το φυσικό δάπεδο του σπηλαίου. Τα πλούσια ευρήματα των ιστορικών χρόνων που πιστοποιούν την εντατική χρήση του σπηλαίου ως χώρο λατρείας συνίστανται σε κεραμεική (λατρευτικά σκεύη και αναθήματα, ορισμένα εισηγμένα από την Κόρινθο και την Αττική), ειδώλια, κυρίως γυναικείων μορφών/θεοτήτων, λίγα λυχνάρια καθώς και συγκεντρώσεις οστών ζώων, κατάλοιπα δηλαδή σφαγίων από θυσίες προς τη λατρευομένη θεότητα. Η επαναλαμβανόμενη χρήση προκύπτει και από την ύπαρξη αποθετών. Κατά την προϊστορική χρήση αξιοσημείωτη είναι η παρουσία αγγείων χρηστικής κυρίως κεραμεικής (π.χ. πιθάρια) καθώς και η επιτόπια εντατική κατεργασία του λίθου για την παραγωγή εργαλειακού εξοπλισμού. Επίσης σοβαρές είναι οι ενδείξεις διευθέτησης του χώρου όπως προκύπτει από την παρουσία εστιών, πηλόχρηστων δαπέδων και πιθανώς υπολειμμάτων τοιχίων.