Ο ναός του Αγ. Νικολάου έχει σήμερα τη μορφή τρίκλιτης βασιλικής με τρούλο χωρίς νάρθηκα (σώζονται όμως τα ίχνη του στη δυτική πλευρά). Τα τρία κλίτη καταλήγουν σε τρεις ημικυκλικές αψίδες στην ανατολική όψη και καλύπτονται με κυλινδρικές καμάρες. Ο τρούλος είναι οκταγωνικός και φέρει 4 παράθυρα και 4 κόγχες, που σήμερα είναι φραγμένα πλην της μίας κόγχης. Η εμφάνιση του ναού είναι βαριά και απέριττη εξωτερικά.

Η τοιχοποιία αποτελείται από ογκώδεις, λαξευτούς, γκριζοκάστανους πωρόλιθους που προέρχονται από το γειτονικό λατομείο, στο βόρειο και το νότιο κλίτος όμως έχει υποστεί επισκευές από ένα ύψος και επάνω. Η αυστηρή εντύπωση οφείλεται όχι μόνο στην έλλειψη ανοιγμάτων αλλά και στην απουσία κεραμοπλαστικού διακόσμου, ο οποίος περιορίζεται σε μια απλή οδοντωτή ταινία που στέφει τις τρεις κόγχες και το αέτωμα της ανατολικής πλευράς.

Η αρχιτεκτονική του Αγ. Νικολάου έχει πολλά και σημαντικά αρχαϊκά στοιχεία που οδήγησαν στο να χρονολογηθεί στο 10ο αιώνα, ακόμα και να παρομοιασθεί με τα μεγαλιθικά μνημεία της Μάνης, νεώτερες όμως έρευνες τον κατατάσσουν στα μνημεία του 12ου αιώνα. Στο εσωτερικό, ενδιαφέρον παρουσιάζει μία μεγαλογράμματη, έμμετρη επιγραφή, ζωγραφισμένη σε οριζόντια ταινία στο κεντρικό κλίτος. Το περιεχόμενό της είναι περίπου το εξής: «Ο ναός αυτός που είναι άγνωστο σε ποιόν άγιο ήταν αφιερωμένος, έχει κτισθεί 200 χρόνια πριν από την εποχή του ανακαινιστή ο οποίος ήταν Κωνσταντίνος Σπανής, ο τζαούσης του δρόγγου των Μελιγκών, δηλαδή ο στρατιωτικός διοικητής της ορεινής περιοχής του Ταϋγέτου, μαζί με τη γυναίκα του την τζαουσίνα Μαρία. Ο Σπανής αφιερώνει το ναό στον Χριστό και σε αντάλλαγμα ζητεί απαλλαγή από τα σφάλματά του».

Η χρονολογία 6846 από κτίσεως κόσμου τοποθετεί την ανακαίνιση μεταξύ 1337/1338. Η οικογένεια του Σπανή, όπως φανερώνουν οι πηγές, είναι η πιο γνωστή ανάμεσα στους Μελιγκούς, σλαβική φυλή που είχε εγκατασταθεί στον Ταΰγετο από τον 9ο αιώνα. Δύο ακόμη επιγραφές που σώζονται στο νότιο κλίτος (η πρώτη στην αψίδα του Ιερού φέρει τη χρονολογία 1343/1344 και η δεύτερη επάνω από τη δυτική είσοδο το έτος 1348/1349) φανερώνουν ότι απαιτήθηκε μεγάλο διάστημα για να ολοκληρωθεί η διακόσμηση του νότιου κλίτους, που είναι αφιερωμένο στον Άγιο Νικόλαο και για την τοιχογράφησή του συνέδραμαν οικονομικά πολλά πρόσωπα, ιερείς, μοναχοί αλλά και λαϊκοί όπως ο Δημήτριος Σκαρζτιότης. Μικρό τμήμα επιγραφής μόλις που διακρίνεται στην αψίδα του βόρειου κλίτους που είναι αφιερωμένο στην Παναγία.

Ο ναός διατηρεί σχεδόν ακέραιο το ζωγραφικό διάκοσμο στο κεντρικό και στο νότιο κλίτος αλλά στο βόρειο λείπουν τουλάχιστον οι μισές τοιχογραφίες. Στο κεντρικό κλίτος δεσπόζει στο τεταρτοσφαίριο της αψίδας η Δέηση, που είναι η πιο εντυπωσιακή παράσταση σε όλο το ναό και αποτελεί ιδιομορφία στο εικονογραφικό πρόγραμμα επειδή εικονίζεται στη θέση της Παναγίας. Ο Χριστός, μορφή με πρωτόγονη εμφάνιση απομακρύνεται από το ιδεώδες του κλασικού κάλλους, ενώ η μορφή του Προδρόμου με τα μακριά, ατίθασα μαλλιά απηχεί μια πιο εκλεπτυσμένη παράδοση και της Παναγίας που με τα χονδρά χαρακτηριστικά απομακρύνεται από τον καθιερωμένο βυζαντινό τύπο. Στο νότιο κλίτος οι 15 σκηνές που εικονογραφούν με λεπτομέρεια το βίο του Αγίου Νικολάου έχουν μεγάλο ενδιαφέρον για τη τέχνη της εποχής. Η υψηλή στάθμη της ζωγραφικής του ναού της Μάνης και κυρίως η παρουσία πολλών κλασικών στοιχείων ενισχύει την υπόθεση ότι οι ζωγράφοι είχαν έρθει από το Μυστρά. Αξιόλογος είναι ο γλυπτός διάκοσμος των τέμπλων των τριών κλιτών. Τα διακοσμητικά θέματα -λημνίσκοι, σηρικοί τροχοί, κομβία και σχηματοποιημένα ζώα- είναι χαρακτηριστικά της μεσοβυζαντινής εποχής. Ειδικότερα το ανακαμπτόμενο φύλλο άκανθας που προβάλλει από "πλακάκι"είναι θέμα που απαντά πολύ συχνά σε γλυπτά της Μάνης. Οι σύνθετοι κιονίσκοι με το διπλό χαλαρό κόμπο δεξιά και αριστερά της Ωραίας Πύλης βοηθούν να χρονολογηθούν τα γλυπτά του ναού, τα οποία είναι spolia, στο τέλος του 12ου αιώνα.