Σε επικλινές έδαφος έξω από τον οικισμό Κάτω Επισκοπή Κισάμου είναι κτισμένος ο ιδιόμορφος παλαιοχριστιανικός ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου. Πρόκειται για περίκεντρο, ορθογώνιο κτίσμα, που αναπτύσσεται γύρω από μεγάλο, βαθμιδωτό εξωτερικά και μαστοειδή εσωτερικά τρούλο. Ανατολικά προεξέχει η ημικυλινδρική κόγχη με βαθμιδωτή απόληξη και μεγάλο δίλοβο παράθυρο, που περιβάλλεται από δυο θολοσκέπαστα παστοφόρια. Δυτικά του ναού υπάρχει θολοσκέπαστος νάρθηκας, ακολουθεί αίθριο και σε υψηλότερο επίπεδο κλείνει το συγκρότημα με μια σειρά από ορθογώνιους χώρους, οι οποίοι επεκτείνονται στη βόρεια πλευρά. Στο βόρειο παστοφόριο υπάρχει η κτιστή τράπεζα της προθέσεως μπροστά από κόγχη στον ανατολικό τοίχο. Στο ψηφιδωτό δάπεδο του νότιου παστοφορίου είναι ενσωματωμένη σταυρική κολυμβήθρα. Μια ακόμη μεγαλύτερη, σταυρική κολυμβήθρα, που υπάρχει σήμερα στο νάρθηκα φαίνεται ότι ήταν αρχικά τοποθετημένη στον κυκλικό χώρο του ναού. Ο ναός έχει ψηφιδωτά δάπεδα με διάκοσμο από φολίδες, κληματίδες, κισσόφυλλα, ψάρια και πλαίσιο από τεμνόμενα ημικύκλια, που μπορούν να χρονολογηθούν στο β' μισό του 6ου αιώνα, εποχή κατά την οποία κατασκευάστηκε ολόκληρο το συγκρότημα. Κατά τη δεύτερη βυζαντινή περίοδο της Κρήτης ο ναός χρησιμοποιήθηκε ως καθεδρικός της Επισκοπής Κισάμου, που μεταφέρθηκε στην ενδοχώρα.

Ιδιαίτερα σημαντικός είναι και ο τοιχογραφικός διάκοσμος που διασώζεται αποσπασματικά σε τέσσερα, ή πέντε στρώματα. Από αυτά το αρχικό με την παράσταση της Ανάληψης και αγίων σε στηθάρια στον τρούλο, του Ευαγγελιστή Ματθαίου στο νάρθηκα, του Αγίου Γεωργίου με αφιερωτή στο νότιο παστοφόριο και αρχαγγέλου στο τεταρτοσφαίριο της κόγχης του ιερού, χρονολογούνται κατά τον 7ο αιώνα.