Στις κλιτείς της Ακροπόλεως αναπτύσσονται σπήλαια, τα οποία διατηρούν αρχαιολογικά κατάλοιπα ήδη από τους Προϊστορικούς χρόνους. Τα σπήλαια Αγλαύρειο, Ιερή Κρήνη Ασκληπιείου, Κλεψύδρα, Μυκηναϊκή κρήνη και το Χορηγικό του Θρασύλλου περιγράφονται λεπτομερώς στο αντίστοιχο λήμμα. Εκτός από τα σπήλαια, στη ΒΔ κλιτύ αναπτύσσονται τα ακόλουθα τέσσερα σπηλαιώδη ανοίγματα (έγκοιλα):

Το πρώτο από δυσμάς (έγκοιλο Α), δεν είχε κάποια ιδιαίτερη χρήση πέρα από αυτήν της εξέδρας (όπως φαίνεται από τον λαξευμένο μπροστά από το σπήλαιο βράχο), από όπου μπορούσε κανείς να παρακολουθήσει την πορεία της πομπής των Παναθηναίων.

Το επόμενο προς ανατολάς σπήλαιο (έγκοιλο Β) ήταν, βάσει των αρχαιολογικών ευρημάτων, ενδεχομένως σε χρήση ήδη από τα μυκηναϊκά χρόνια (13ο αι. π.Χ.). Οι πολλές μαρμάρινες αναθηματικές πλάκες που βρέθηκαν στην επίχωσή του, οι λαξευμένες στον βράχο κόγχες και οι επιγραφές που διατηρούνται σε διάφορα σημεία των τοιχωμάτων του σπηλαίου, αποδεικνύουν ότι ο χώρος ήταν αφιερωμένος κατά τους ιστορικούς χρόνους στον Απόλλωνα Υποακραίο.

Δίπλα στο σπήλαιο του Απόλλωνος και ανατολικά αυτού, βρίσκεται άλλη κοιλότητα (έγκοιλο Γ) η οποία φαίνεται ότι ήταν αφιερωμένη από τον 5ο αι. π.Χ. κ.ε. στην λατρεία του Διός Ολυμπίου.

Ανατολικότερα όλων, βρίσκεται το τριμερές έγκοιλο Δ που ήταν αφιερωμένο (όπως έδειξαν τα ευρήματα) στην λατρεία του Πανός και έφερε στα τοιχώματά του λαξευμένες κόγχες για την τοποθέτηση αναθηματικών αναγλύφων. Το ανατολικό τμήμα του σπηλαίου αυτού μετατράπηκε κατά τους χριστιανικούς χρόνους (5ο αι. μ.Χ.) σε παρεκκλήσιο του Αγ. Αθανασίου.

Τα έγκοιλα ανασκάφησαν το 1897 από τον αρχαιολόγο της Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας Παναγιώτη Καββαδία.