Το κτίριο του Διοικητηρίου χτίστηκε το 1891 και είναι έργο του γνωστού αρχιτέκτονα Bιταλιάνο Ποζέλι. Χτίστηκε λίγο νοτιότερα από το παλιό Κονάκι, το οποίο πρέπει να είχε χτιστεί στα ερείπια βυζαντινού παλατιού. Ήταν η έδρα του βαλή Θεσσαλονίκης και στέγαζε το δημοτολόγιο, υποθηκοφυλακείο, λογιστήριο, κτηματολόγιο, ειρηνοδικείο, την αίθουσα νομαρχιακού συμβουλίου, την διεύθυνση εξωτερικών υποθέσεων, αστυνομίας και χωροφυλακής, πρωτοδικείο και εμποροδικείο και ιεροδικείο. Αποτελούσε το διοικητικό κέντρο της πόλης και γύρω του ήταν χτισμένα, ένα τζαμί (Σαατλί Τζαμί, στο οποίο έγινε η σφαγή των προξένων της Γερμανίας και Γαλλίας το 1876), ένα λουτρό, τα διαμερίσματα του χαρεμιού, αστυνομικές αρχές, υπηρεσίες, φυλακές, στάβλοι και τηλεγραφικό κέντρο. Ήδη το 1907 στεγάστηκε σ? αυτό η Οθωμανική Νομική Σχολή, ενώ το 1911 διέμεινε ο Σουλτάνος Μεχμέτ V, στο πέρασμά του από την πόλη. Μετά το 1912 και την κατάλυση της οθωμανικής αρχής στη Θεσσαλονίκη, στεγάστηκαν τα γραφεία της Γενικής Διοίκησης. Η φωτιά του 1917 που κατέστρεψε ένα μεγάλο μέρος του κέντρου της πόλης δεν άγγιξε το κτίριο. Τότε διαμορφώθηκε η πλατεία νότια του κτιρίου αναδεικνύοντάς το. Το 1954 έγιναν εργασίας αποκατάστασης και προστέθηκε άλλος ένας όροφος, προκειμένου να στεγαστούν περισσότερες υπηρεσίες . Το κτίριο έχει σήμερα τη μορφή που του δόθηκε μετά το πέρας των εργασιών το 1955, και στεγάζει τη Γενική Γραμματεία Μακεδονίας Θράκης και άλλες δημόσιες υπηρεσίες.

Το κτίριο φέρει χαρακτηριστικά Νεοκλασικιστικής και Αναγεννησιακής αρχιτεκτονικής: τριμερής κατάτμηση επιπέδων, συμμετρία και κανονικότητα, ψευδοκίονες και εξέχουσες κορνίζες. Το κτίριο περιτρέχει ένα εσωτερικό αίθριο. Το αρχικό αέτωμα της πρόσοψης, στυλ οθωμανικού μπαρόκ, αντικαταστάθηκε από τριγωνικό αέτωμα όταν προστέθηκε ο τέταρτος όροφος.