Στα τέλη του 19ου αιώνα, οι οθωμανικές αρχές προκειμένου να εκσυγχρονίσουν την πόλη της Θεσσαλονίκης και το εμπόριό της, ξεκίνησαν λιμενικές εργασίες. Το 1896, υπέγραψαν συμβόλαιο με τον Γάλλο εργολάβο Εδμόνδο Μπαρτισόλ, ο οποίος ίδρυσε την «Ανώνυμη Οθωμανική Εταιρεία κατασκευής λιμανιού της Θεσσαλονίκης», με κεντρικά γραφεία στην Κωνσταντινούπολη. Το 1904 η εταιρεία μετατράπηκε σε «Οθωμανική Εταιρεία εκμετάλλευσης του λιμανιού της Θεσσαλονίκης», κατέχοντας τα λειτουργικά δικαιώματα μέχρι το 1944. οι εργασίες προέβλεπαν, εκβάθυνση της γειτνιάζουσας θαλάσσιας ζώνης, κατασκευή κυματοθραύστη, δύο λιμενοβραχιόνων, επέκταση της αποβάθρας, σιδηροδρομική σύνδεση του λιμανιού με τον σταθμό? Μέχρι το 1903, οι εργασίες είχαν σχεδόν εκτελεστεί, ωστόσο το κτίριο του τελωνείου δεν άρχισε να κατασκευάζεται παρά μόνο το 1910, οπότε και τοποθετήθηκε ο θεμέλιος λίθος από τον Υπουργό Οικονομικών των Νεότουρκων Mohammed Djavid Bey, ντονμέ (εβραίος μουσουλμάνος) της Θεσσαλονίκης και ολοκληρώθηκε το 1912. Το 1930 τη Γαλλική Εταιρεία αντικαθιστά το Λιμενικό ταμείο. Σήμερα το κεντρικό τμήμα του ανήκει στο Δημόσιο ενώ οι χαμηλότερες πτέρυγες στο Λιμενικό ταμείο.

Χτισμένο στο μέτωπο θάλασσας, ανάμεσα στους λιμενοβραχίονες, το κτίριο του τελωνείου είναι έργο του μηχανικού Ελί Μοδιάνο. Σπουδασμένος σtην Ecole Centrale στο Παρίσι, το κτίριο φέρει έντονα στοιχεία γαλλικής επιρροής. Έντονος είναι ο οριζόντιος άξονας του μακρόστενου κτιρίου, 200 μέτρων, ενώ ο κάθετος άξονας τονίζεται από το κεντρικό στέλεχος και τα δύο ακριανά. Η συνολική του επιφάνεια είναι 5.000τ.μ. και αποτελεί δείγμα εκλεκτικιστικής αρχιτεκτονικής με νέο-αναγεννησιακά στοιχεία. Υπέστη σοβαρές ζημιές κατά τον βομβαρδισμό του τον β΄ παγκόσμιο πόλεμο, ενώ και ο σεισμός του 1978 δεν το άφησε αλώβητο.

Ιδιαιτερότητα του κτιρίου αποτελεί η εξής κατασκευαστική λεπτομέρεια : πρόκειται για το πρώτο κτίριο στη Θεσσαλονίκη χτισμένο με σκελετό από οπλισμένο σκυρόδεμα.