Την εποχή ακμής της Αιτωλικής Συμπολιτείας το Ιερό και η πολιτική Αγορά του Θέρμου αποτελούν έναν ενιαίο ορθογωνισμένο χώρο, τους οποίους συνδέει στενόμακρη πλατεία, διαστ. 265x21μ. Η τελευταία πλαισιώνεται στις μακρές πλευρές από την ανατολική και τη δυτική στοά, προς βορρά από το ναό του Απόλλωνος Θερμίου και προς νότο από το λεγόμενο «Βουλευτήριο». Η διαμόρφωση αυτή μοιάζει περισσότερο με «πλατεία οδό», την οποία πλαισιώνουν στοές, σχήμα που συναντάται αργότερα στην Ιταλία και σε άλλες περιοχές, κυρίως στην ανατολική Μεσόγειο, π.χ. στη Μικρά Ασία, καθ' όλη τη διάρκεια της Ρωμαϊκής εποχής. Η Αγορά του Θέρμου μπορεί να χρονολογηθεί στον πρώιμο 3ο αι. π.Χ. και αποτελεί το αρχαιότερο και εντυπωσιακότερο δείγμα της μνημειώδους αυτής χωροταξικής οργάνωσης. Η δε οπτική σύνδεση ναού Απόλλωνος και «Βουλευτηρίου» είχε επιπλέον έναν ακόμη πολιτικής σημασίας χαρακτήρα, να συνδέσει το παλαιό κοινό ιερό με την πολιτική έδρα της Αιτωλικής Συμπολιτείας. Από την άποψη αυτή μπορεί να προσδοθεί στην Αγορά του Θέρμου ο χαρακτήρας της «Ιερής Αγοράς».



Η Αγορά του Θέρμου περιλαμβάνει τρεις στοές (την ανατολική, τη δυτική και τη νότια), το λεγόμενο «Βουλευτήριο» και δύο κρήνες. Οι δύο στοές, η ανατολική και η δυτική, συγκαταλέγονται μαζί με τη νότια στοά, η οποία είναι παράλληλη προς το νότιο σκέλος του τείχους και δεν έχει ανασκαφεί ακόμα, ανάμεσα στις μεγαλύτερες που έχουν βρεθεί όχι μόνον στη Δυτική Ελλάδα, αλλά και σε ολόκληρο τον ελληνικό κόσμο. Η κατασκευή τους τοποθετείται χρονικά στα τέλη του 4ου - αρχές 3ου αι. π.Χ. Χρησίμευαν όχι μόνο για τις συνεδριάσεις και τις αρχαιρεσίες των αξιωματούχων της Αιτωλικής Συμπολιτείας, αλλά ταυτόχρονα για τη φύλαξη του αρχείου της Συμπολιτείας, των λαφύρων και των χιλιάδων αναθημάτων. Έχουν το σύνηθες σχήμα στοάς που επιχωριάζει στη βορειοδυτική Ελλάδα, με τοίχους στα άκρα της πρόσοψης. Δύο σειρές δωρικών κιόνων, μία στο εσωτερικό και μία στην πρόσοψη, χρησίμευαν για τη στήριξη της στέγης.



Σήμερα είναι ορατές στο εσωτερικό τους μόνον οι λίθινες βάσεις έδρασης των κιόνων αυτών, οι οποίοι θα ήταν ξύλινοι, όπως άλλωστε και ο θριγκός των κτηρίων αυτών. Τα κατώτερα μέρη των τοίχων τους ήταν λίθινα, ενώ η ανωδομή από ωμές πλίνθους. Η ανατολική στοά, διαστ. 173x13,50μ., έχει λίθινο κρηπίδωμα στην πρόσοψη και δύο ανοίγματα στον οπίσθιο τοίχο, μέσω των οποίων λίθινα μνημειώδη κλιμακοστάσια οδηγούσαν σε ψηλότερο της στοάς άνδηρο στους πρόποδες του υψώματος Μεγαλάκκος. Η δυτική στοά, διαστ. 164x13,60μ., είχε στυλοβάτη στην πρόσοψη με μία μόνο λίθινη βαθμίδα και κλειστό δωμάτιο στο βόρειο άκρο. Σε απόσταση 1μ. περίπου από τον στυλοβάτη της δυτικής στοάς διέρχεται λίθινος αγωγός με διακεκομμένη κάλυψη από ασβεστολιθικές πλάκες.



Μπροστά από την ανατολική στενή πλευρά της νότιας στοάς, την πρόσοψη του «Βουλευτηρίου» και της ανατολικής στοάς σώζονται πληθώρα βάθρων και εξεδρών, διαφόρων τύπων, ορθογωνίων, τετράγωνων, αψιδωτών, πειόσχημων, στα οποία ήταν στημένοι χάλκινοι ανδριάντες, αδιάψευστοι μάρτυρες της ακτινοβολίας του Iερού του Θέρμου. Ειδικός χώρος αμέσως ανατολικά της κρήνης, όπου σήμερα είναι ορατός μεγάλος αριθμός λίθινων βάσεων στηλών, φαίνεται ότι είχε χρησιμεύσει για την έδραση των λίθινων στηλών, στις οποίες αναγράφονταν ψηφίσματα της Αιτωλικής Συμπολιτείας. Η νότια στοά, διαστ. 185x15,40μ., η μεγαλύτερη από τις τρεις, δεν έχει ακόμη ανασκαφεί. Ωστόσο, είναι σήμερα ορατές κατά μήκος της στενής ανατολικής της πλευράς δύο τουλάχιστον λίθινες βαθμίδες από την κρηπίδα του μνημείου.



Οι στοές καταστράφηκαν κατά τη διάρκεια της διπλής εισβολής του Φιλίππου Ε΄ στην Αιτωλία το 218 και 206 π.Χ. Λίγο μετά την καταστροφή της η ανατολική στοά ανακατασκευάστηκε και απέκτησε λίθινο θρανίο κατά μήκος του βόρειου και ανατολικού της τοίχου. Η τελική καταστροφή των στοών τοποθετείται μετά την ήττα του Περσέως από τους Ρωμαίους το 167π.Χ. στη μάχη της Πύδνας, οπότε αρχίζει σταδιακά η ερήμωση και εγκατάλειψη του Ιερού του Απόλλωνος στον Θέρμο.



Η κρήνη της Αγοράς του Θέρμου βρίσκεται στη βορειοδυτική άκρη της «πλατείας οδού» σε απόσταση 9μ. περίπου από τον βόρειο τοίχο της δυτικής στοάς. Έχει κατασκευαστεί επάνω σε φυσική πηγή που αναβλύζει στη θέση αυτή έως σήμερα και η πρόσοψή της είναι προς τα δυτικά. Έχει το σχήμα ορθογώνιας δεξαμενής, διαστ. 6,18x3,60μ., είναι κατασκευασμένη από μεγάλους ορθογωνισμένους ογκόλιθους, το μέγ. σωζ. ύψος των τοιχωμάτων της είναι 1,50μ. και έχει πειόσχημη κάτοψη. Το νερό πηγάζει ανάμεσα από τους αραιά τοποθετημένους λίθους της κατώτερης σειράς. Δεν έχει ακόμη αποδειχθεί, εάν διέθετε κρουνούς. Πλακόστρωτο δάπεδο περιέβαλε τις τρεις πλευρές της, τη βόρεια, τη δυτική και τη νότια. Στην πίσω της πλευρά υπάρχει ημικυκλική εξέδρα που βρίσκεται σε υψηλότερο επίπεδο από αυτή και βλέπει προς την πλατεία της Αγοράς.



Τέλος, το «Βουλευτήριο» ήταν ορθογώνιο κτίσμα, διαστ. 26x20μ., με τρεις βαθμίδες και προστώο στη βόρεια πλευρά, το οποίο δεν έχει ακόμη ανασκαφεί. Βρίσκεται στο νότιο άκρο της στενόμακρης πλατείας της Αγοράς και απέχει μόλις 2μ. περίπου από την εσωτερική παρειά του νότιου σκέλους του τείχους.