Το καθολικό της Μονής Μαρδακίου είναι αφιερωμένο στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του ελεύθερου σταυρού με οκτάπλευρο τρούλο, μια τρίπλευρη εξωτερικά αψίδα ιερού και μονόχωρο καμαροσκέπαστο νάρθηκα. Στο εσωτερικό του διασώζει αξιόλογες τοιχογραφίες του έτους 1635, έργο του Δημητρίου Κακαβά, ενός από τους σημαντικότερους ζωγράφους των αρχών του 17ου αιώνα στην Πελοπόννησο. Στον ανατολικό τοίχο του νάρθηκα σώζεται η κτητορική επιγραφή και το πορτραίτο του κτήτορα, Θεόδωρου Χανδρινού, τοπικού άρχοντα. Από το συγκρότημα της μονής, η οποία ήταν σταυροπηγιακή, σώζονται ίχνη των κελιών και μια εντυπωσιακή κρήνη.