Η επονομαζόμενη σπηλιά του Κύκλωπα διανοίγεται στην απόκρημνη νότια πλευρά ενός φυσικού βραχώδους εξάρματος, νότια του χωριού της Μάκρης, σε μικρή απόσταση από τη θάλασσα, περίπου 11χλμ. δυτικά της Αλεξανδρούπολης. Το σπήλαιο βρίσκεται βόρεια του λιμανιού της Μάκρης, ακριβώς κάτω από τον αρχαιολογικό χώρο της ομώνυμης προϊστορικής θέσης. Από το σπήλαιο, η θέα προς την ακτογραμμή του θρακικού πελάγους, από την Αλεξανδρούπολη ανατολικά ως τα βουνά του Ισμάρου δυτικά, είναι εντυπωσιακή.

Η είσοδός του έχει διαστάσεις 5Χ3μ. Αποτελείται από έναν θάλαμο μήκους περίπου 10μ., μέγιστου πλάτους 3,5μ. και μέγιστου ύψους 4,5μ. Σε ψηλότερο επίπεδο διαμορφώνεται ένας ακόμη θάλαμος, ανατολικά του οποίου σχηματίζεται μία διακλάδωση που οδηγεί σε πολύ μικρότερο θάλαμο στο βάθος.

Η Εφορεία Παλαιοανθρωπολογίας ? Σπηλαιολογίας διενήργησε σύντομη ανασκαφική έρευνα στο εσωτερικό του σπηλαίου το 1991, ενώ ο χώρος γύρω από αυτό ερευνήθηκε στο πλαίσιο της ανασκαφής της ΙΘ΄ΕΠΚΑ σε συνεργασία με το ΑΠΘ.

Από τη σύντομη διερεύνησή του προκύπτει ότι κατά τη μέση βυζαντινή περίοδο η περιοχή της τούμπας, ο χώρος γύρω από το σπήλαιο, αλλά και μέρος του εσωτερικού αυτού χρησιμοποιήθηκε ως νεκροταφείο του οικισμού, που βρίσκεται 500μ. βορειότερα, στο σημερινό χωριό. Οι λαξευμένοι τετράπλευροι τόρμοι εκατέρωθεν της εισόδου, φανερώνουν ότι πιθανώς την ίδια περίοδο το σπήλαιο έκλεινε με ξύλινη μπάρα.

Η κεραμική των προϊστορικών χρόνων από τη διαταραγμένη, εξαιτίας της επέμβασης στο χώρο κατά τη βυζαντινή περίοδο, επίχωση, καταδεικνύει την περιστασιακή χρήση του σπηλαίου, πιθανότατα την ίδια εποχή με την κατοίκηση της τούμπας.