Το Νομαρχιακό Μέγαρο Ρεθύμνου κατασκευάστηκε στην αρχή της δεύτερης τουρκικής κυριαρχίας στο Ρέθυμνο σε βακούφικα κτήματα που μεταβίβασε η Μουσουλμανική Δημογεροντία στο Δημόσιο. Η θέση του διοικητηρίου λεγόταν "Μικρά Χασίλεια".

Ο επάρχος Μουττεσαρίφ Νουρή Πασσά, με καταγωγή από την Αυλώνα της Αλβανίας, είδε την ανάγκη της πόλης για την ανοικοδόμηση ενός διοικητηρίου και εισηγήθηκε στον σουλτάνο Μετζήτ να του στείλει υλικό και το απαιτούμενο ποσό για την επιχείρηση αυτή. Πολύ σύντομα παραχωρήθηκε η άδεια και το δικαίωμα στον Νουρή Πασσά για την ανοικοδόμηση του κτιρίου. Η έναρξη της κατασκευής έγινε το 1844. Το κτίριο προοριζόταν για διοικητήριο του Ρεθύμνου και κατοικία του επάρχου. Παράλληλα χρησιμοποιήθηκε σαν ιατρείο της τουρκικής διοίκησης.

Αρχιτέκτονας του έργου ήταν ο Τούρκος Μεχμίτ Ζεκή που ήρθε από την Κωνσταντινούπολη με συνεργείο 18 ατόμων και τον Αρμένιο εργοδηγό Δαβίτ. Το συνεργείο συμπλήρωσαν τεχνίτες και εργάτες από την Πόλη των Χανίων. Τη γενική διαχείριση και εποπτεία του έργου είχε ο Ρεθύμνιος έμπορος Μουσταφά Σκουμπεντεδάκης του Χασάν. Ο σουλτάνος Μετζήτ έστειλε προκαταβολή 10.000 χρυσές λίρες και άλλες πέντε φορές από δέκα χιλιάδες σύνολο εξήντα χιλιάδες χρυσές λίρες. Για την επίπλωση και τη σκευή του Διοικητηρίου και του Στρατώνα δαπανήθηκαν συνολικά 500.000 χρυσές λίρες (200.000 από το κρατικό ταμείο Ρεθύμνου και 300.000 από το κρατικό ταμείο Χανίων της Γενικής Διοίκησης του Ουμούμ Βαλισί Γιουσούφ Πασσά.

'Οσον αφορά στον εξωτερικό του χώρο, ο προς δυσμάς και νότια του κτιρίου και μέχρι τα όρια του εξωτερικού τείχους της πόλης χρησιμοποιήθηκε σαν αύλειος χώρος με είσοδο πύλη νότια πλευρικά του κτιρίου (δεν υφίσταται σήμερα).

Το κτίριο είναι πέτρινο τριώροφο κεραμοσκεπές. Οργανώνεται με βάση δύο καθέτους μεταξύ τους άξονες συμμετρίας. Το μήκος του είναι 52 μ. ενώ το πλάτος του ποικίλει από 18 έως 28 μ. Έχει συνολικό εμβαδόν 3.175 τ.μ. και συνολικό όγκο 13.140 κ.μ.

Το ισόγειο με εμβαδόν 1.021,50 τ.μ. παρουσιάζει μια εικόνα χώρων για βοηθητική χρήση, οι οποίοι δεν έχουν λειτουργική ενοποίηση. Στο ισόγειο βρίσκονται τρεις χώροι εισόδου από τους οποίους ο κεντρικός (ανατολικός) δεν έχει καμία επαφή με τους παρακείμενους χώρους της στάθμης αυτής. Ο α' όροφος με εμβαδόν 946,37 τ.μ. στεγάζει γραφειακούς χώρους. Ο όροφος διακόπτεται λειτουργικά με την παρεμβολή του κεντρικού χώρου εισόδου του κτιρίου που επικοινωνεί με τους χώρους της στάθμης αυτής. Ο β' όροφος με εμβαδόν 1.043,90 τ.μ. στεγάζει επίσης γραφειακούς χώρους καθώς και τις αρχές της Νομαρχίας (γραφείο Νομάρχη και αίθουσα Νομαρχιακού Συμβουλίου).

Στο εσωτερικό του κτιρίου δεσπόζει ο κεντρικός χώρος εισόδου με ανατολική προσπέλαση, που είναι τρισδιάστατος με ύψος δύο ορόφων και περιέχει τρία διαφορετικά κλιμακοστάσια. Το κεντρικό προορίζεται για άμεση πρόσβαση στο β' όροφο, ενώ τα πλευρικά συνδέουν για ανεξάρτητες προσβάσεις στο βόρειο και νότιο τμήμα του α' ορόφου. Οι δύο πλευρικές είσοδοι του κτιρίου βόρεια και νότια εξυπηρετούν άμεσα τους χώρους του ισογείου και του α' ορόφου, ενώ στο β' όροφο η προσπέλαση γίνεται από το νότιο εσωτερικό κλιμακοστάσιο. Η δυτική προσπέλαση του κτιρίου έχει υποβαθμιστεί και καταργηθεί. Η όψη στην πλατεία (ανατολική) είχε διώροφη επέκταση κλειστή στο δεύτερο όροφο από τσατμά, που σήμερα δεν υπάρχει και ημιυπαίθρια στους δύο άλλους ορόφους, ισόγειο και α' όροφο.

Η κατασκευή εδράζεται σε τέσσερις μαρμάρινους κίονες ιωνικού ρυθμού από γκρίζο τοπικό μάρμαρο. Από το ίδιο οικοδομικό υλικό είναι κατασκευασμένο και το θύρωμα της κεντρικής εισόδου. Η πύλη έχει ημικυκλικό τόξο. Τα μάρμαρα προεξέχουν από τον τοίχο με έντονα φάλτσα τελειώματα, με μορφολογία που αναφέρεται σε παλιότερες ενετικές κατασκευές, όπως η πύλη της Φορτέτζας, αρχοντικά της πόλης κλπ. Τα πιο πάνω αρχιτεκτονικά μέλη έδωσαν και το αρχικό όνομα στο κτίριο: "Μαρμαρόπορτα".