Μεγάλο, ορθογώνιο μακρόστενο κτίσμα με δώμα και πρόδομο. Έχει μήκος 18,25 μ. και πλάτος που κυμαίνεται από τα 6,40 ως τα 6,85 μ. Τη στέγη στήριζαν δύο ξύλινα υποστυλώματα μεταξύ των παραστάδων και τρία σε ευθύγραμμη διάταξη, κατά τον άξονα του κτηρίου, τοποθετημένα παράκεντρα, πλησιέστερα στον ισχυρό δυτικό τοίχο. Το ίδιο παράκεντρα ήταν τοποθετημένη και η είσοδος με το λίθινο κατώφλι. Το μέγαρο είχε άμεση σχέση με την οχύρωση. Για τη τοιχοποιία του δυτικού ισχυρού τοίχου, που ταυτίζεται με το αμυντικό τείχος, χρησιμοποιήθηκαν βράχια και λίθοι, μεγάλου και μεσαίου μεγέθους και μικρότεροι λίθοι για τις υπόλοιπες τρείς πλευρές. Η στέγη θα ήταν από πηλό με φύκια, καλάμια ή ξύλα, όπως η επίπεδη στέγη των παραδοσιακών σπιτιών της Χίου.

Στο μέγαρο κατοικούσε ο ανώτατος άρχοντας του οικισμού, κοντά στους βωμούς και στον παρακείμενο ναό της Αθηνάς. Πρόκειται για το αρχαιότερο κτίσμα στη Χίο και χρονολογείται στα μέσα του 8ου αι. π.Χ. με διάρκεια χρήσης ως και τον 5ο αι. π.Χ.