Το σπήλαιο του Αγίου Ιωάννη είναι το μεγαλύτερο από μια σειρά εγκοίλων που σχηματίζουν καρστικό σύμπλεγμα σε μικρή χαράδρα, ΝΑ του ορμίσκου Βουρκαριά στη νήσο Ηρακλειά Κυκλάδων.



Βρίσκεται στο τέλος δύσβατου μονοπατιού, το οποίο είχε επισκευαστεί στο πλαίσιο έργου βελτίωσης και ανάδειξης των παλαιών ημιονικών οδών του νησιού. Από τον οικισμό Παναγιά απαιτείται μία ώρα πεζοπορίας περίπου για την προσέγγισή του.



Η είσοδος του είναι χαμηλή και το ύψος της δεν υπερβαίνει τα 0,5-0,7 μ., ενώ το πλάτος της τα 1,5-1,7 μ. Ακολουθεί θάλαμος μεγάλων διαστάσεων (27 μ. μήκος, 17 μ. πλάτος και 10 περίπου μ. ύψος). Έχει συνολικά 5 αίθουσες με πλούσιο λιθωματικό διάκοσμο. Λίγα μέτρα από το άνοιγμα της εισόδου υπάρχει το προσκυνητάρι του Αγίου Ιωάννη.



Αποτελεί κηρυγμένο αρχαιολογικό χώρο που ανασκάπτεται από την Εφορεία Παλαιοανθρωπολογίας-Σπηλαιολογίας σε συνεργασία με το Νορβηγικό Ινστιτούτο Αθηνών. Η ανθρώπινη παρουσία στο σπήλαιο χρονολογείται από την αρχή της Πρωτοκυκλαδικής περιόδου (δεύτερο μισό περίπου της 4ης χιλιετίας π.Χ.) έως και τα Νεότερα χρόνια.



Το σπήλαιο δεν είναι αξιοποιημένο τουριστικά, αποτελεί όμως παραδοσιακό χώρο συγκέντρωσης των κατοίκων του νησιού κατά την ημέρα της εορτής του αγίου.