Σε επαφή με τη δυτική πλευρά του "Παλατιού Ιουστινιάνι" και σε επικοινωνία με τις οχυρώσεις γύρω από την Porta Maggiore βρίσκεται το ισόγειο του πύργου που είναι γνωστό ως "Σκοτεινή Φυλακή" και οφείλει την κατασκευή του επίσης σε πρωτοβουλία των Γενουατών. Είναι τετράγωνη σχεδόν αίθουσα (10Χ8,50μ.) που καλύπτεται με τέσσερα σταυροθόλια και στο μέσον στέκει ογκώδης πεσσός. Στο κλειδί των δύο ανατολικών σταυροθολίων υπάρχουν οπαία (κυκλικό και τετράγωνο, αντίστοιχα) με τα οποία επιτυγχάνεται μερικώς ο φωτισμός και αερισμός του χώρου. Αρχικά πρέπει να διέθετε τουλάχιστον δύο ορόφους, από τους οποίους δεν σώθηκε κανένα ίχνος, και σε όλες τις πλευρές του κτηρίου υπήρχαν μεγάλα και ψηλά παράθυρα, τα οποία φράχθηκαν όταν έγιναν τροποποιήσεις στις οχυρώσεις -άγνωστο ποια ακριβώς εποχή-, αλλά πάντως αποτελούν μια επαρκή από μόνα τους μαρτυρία ότι ο χώρος κάθε άλλο παρά σκοτεινός ήταν όταν κατασκευάσθηκε και ότι σίγουρα δεν ήταν φυλακή. Το κτίριο συνδέεται με ένα τραγικό γεγονός της νεότερης ιστορίας της Χίου: το 1822, έτος της σφαγής της Χίου, φυλακίσθηκαν εδώ ως όμηροι από τους Τούρκους πενήντα πέντε πρόκριτοι μαζί με τον μητροπολίτη Πλάτωνα Φραγκιάδη, πριν οδηγηθούν στην αγχόνη.