Το Σπήλαιο Σκοτεινή βρίσκεται στα νοτιοανατολικά του χωριού Θαρρούνια και ανατολικά του οικισμού της Παναγιάς, περίπου 20 χλμ. βόρεια του Αλιβερίου, στην κεντρική Εύβοια. Βρίσκεται σε υψόμετρο 450 μ., κάτω από πλάτωμα, από το οποίο ελέγχεται η περιοχή που εκτείνεται νότια μέχρι τη θάλασσα του Αλιβερίου. Το σπήλαιο έχει μήκος περίπου 80 μ. και πλάτος 20-40 μ. στην κεντρική ευρύχωρη αίθουσα, η οποία είναι προσβάσιμη από την είσοδο διαμέσου μακρού στενού διαδρόμου που φέρει μικρές κόγχες στο δυτικό του τμήμα. Το σπήλαιο έχει φτωχό λιθωματικό διάκοσμο και επικλινή διαμόρφωση στο βαθύτερο τμήμα του.



Tο σπήλαιο ερευνήθηκε από την τοπική Εφορεία Αρχαιοτήτων, με τη συνεργασία της Εφορείας Παλαιοανθρωπολογίας-Σπηλαιολογίας, υπό τον Α. Σάμψων. Τα αρχαιότερα ευρήματα από το εσωτερικό του σπηλαίου χρονολογούνται στη Μέση Νεολιθική περίοδο, αλλά η πιο εντατική φάση χρήσης του διανύει τη Νεότερη και Τελική Νεολιθική (τέλος 6ης/αρχές 5ης έως 4η χιλιετία π.Χ.). Bρέθηκαν εργαλεία από οψιανό και πυριτόλιθο, άφθονα θραύσματα κεραμικών αγγείων πολύχρωμων, εγχάρακτων και ανάγλυφων, κεραμικά σκεύη με ιδιαίτερο σχήμα, καθώς και ικανός αριθμός πιθαριών που υποδηλώνουν την αποθηκευτική χρήση του σπηλαίου, κυρίως προς το τέλος της Νεολιθικής. Βρέθηκαν επίσης τριπτά και οστέινα εργαλεία, κοσμήματα, υφαντικά εξαρτήματα, μικροαντικείμενα, αποτυπώματα καλαθιών σε πηλό και ειδώλια. Από την ίδια περίοδο χρονολογείται και περιορισμένος αριθμός ανθρώπινων ταφών.



Στις μεταγενέστερες περιόδους της προϊστορίας ανήκει κυρίως κεραμική, καθώς και περόνες, εργαλεία, σφραγίδα Πρωτοελλαδικών χρόνων (3η χιλιετία π.Χ.), καθώς και Μυκηναϊκό ειδώλιο και κεραμική που συσχετίζονται με υπολείμματα καύσης (τέλος 2ης χιλιετίας π.Χ.). Δεν λείπουν τα κατάλοιπα των Υστερογεωμετρικών, Κλασικών και Ελληνιστικών χρόνων, αλλά και τα ακόμα νεότερα, όπως τα Υστερορρωμαϊκά νομίσματα. Στο πλάτωμα πλησίον του σπηλαίου ανασκάφηκαν οικισμός της Τελικής Νεολιθικής (4η χιλιετία π.Χ.) και οργανωμένο νεκροταφείο με συστάδες τάφων-λάκκων της ίδιας περιόδου.



Το σπήλαιο δεν αποτελεί οργανωμένο αρχαιολογικό χώρο.