Ο ναός σε μικρή απόσταση από την φράγκικη Μονή Παναγίας Ίσοβας χτίστηκε το β' μισό 13ου αιώνα, μετά την καταστροφή του μοναστηριού και σήμερα η κατάσταση διατήρησής του είναι πολύ κακή.

Πρόκειται για τρίκλιτη βασιλική με ημικυκλική αψίδα στα ανατολικά για το ιερό και δύο ημικυκλικές κόγχες εκατέρωθεν για τα παρεκκλήσια. Ένα ζεύγος κιόνων στήριζε τα οξυκόρυφα τόξα, που χώριζαν την εκκλησία σε κλίτη. Οξυκόρυφα είναι και τα παράθυρα, από τα οποία διατηρείται ένα δίλοβο και δύο μονόλοβα στον ανατολικό τοίχο. Μία κόγχη με επίσης οξυκόρυφο τόξο διαμορφώνεται στο εσωτερικό του βόρειου τοίχου.

Η είσοδος γινόταν από τα δυτικά, μέσω τριών ανοιγμάτων, ενώ άνοιγμα εισόδου υπάρχει και στα βορειοανατολικά. Η εκκλησία διέθετε υπερυψωμένο φωταγωγό που καλυπτόταν από δίρριχτη ξύλινη στέγη. Εντυπωσιακό πρέπει να ήταν το δαπέδο, από το οποίο διατηρείται πολύχρωμο μαρμαροθέτημα. Για την κατασκευή του ναού χρησιμοποιήθηκαν ασβεστόλιθοι διαφόρων μεγεθών, κέραμοι και πλίνθοι, ενώ κοσμήτης διατρέχει την βόρεια, νότια και ανατολική πλευρά.

Η επαναχρησιμοποίηση αρχιτεκτονικών μελών από το ναό της Παναγίας και η εφαρμογή τεχνικών που απαντούν στη βυζαντινή αρχιτεκτονική, πιθανόν υποδηλώνουν ότι ο Άγιος Νικόλαος οικοδομήθηκε από Έλληνες τεχνίτες για να εξυπηρετήσει όμως τις ανάγκες των Λατίνων μοναχών μετά το 1263.