Το αρχοντικό Βουβάλη είναι ένα τριώροφο οίκημα με υπόγειους αποθηκευτικούς χώρους. Διαθέτει οκτώ δωμάτια στο ισόγειο, πέντε στον πρώτο όροφο και πέντε στον δεύτερο. Παρουσιάζει δύο οικοδομικές φάσεις. Αρχικά ήταν μικρότερο σε διαστάσεις και αργότερα προστέθηκαν σε αυτό επιπλέον διαμερίσματα, καθώς και ο δεύτερος όροφος. Πρόκειται για προικώο της Αικατερίνης Πελεκάνου, το οποίο ο σύζυγός της Νικόλαος Βουβάλης, ο μεγαλύτερος σπογγέμπορας της Καλύμνου, τροποποίησε και διεύρυνε στα τέλη του 19ου αι., τη δεκαετία του 1890.

Σήμερα το Αρχοντικό Βουβάλη αποτελεί επισκέψιμο μνημείο, στο οποίο εκτίθενται αντικείμενα της οικοσκευής του σε τρία δωμάτια (γραφείο, τραπεζαρία, σαλόνι). Στους υπόλοιπους χώρους του φυλάσσονται αρχαιολογικά ευρήματα, προερχόμενα από ανασκαφές, παραδόσεις και κατασχέσεις αρχαίων.