Ο ναός του Μεγάλου Θεολόγου αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα μεσοβυζαντινά μνημεία της Βέροιας. Από την αρχική φάση του διατηρείται μόνο το ιερό βήμα, το οποίο, όπως φαίνεται από τα ανοίγματα που οδηγούσαν στο χώρο της πρόθεσης και του διακονικού, ανήκει σε τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική. Τη μορφή αυτή πρέπει να είχε ο ναός μέχρι το 14ο αιώνα. Λίγο αργότερα καταστράφηκε και καταργήθηκε η κόγχη του διακονικού, και στη θέση της κόγχης της πρόθεσης κατασκευάσθηκε νέα.

Ζωγραφικός διάκοσμος διατηρείται μόνο στο αρχικό σωζόμενο τμήμα του ναού. Στο β΄ τέταρτο του 13ου αιώνα ανήκει η παράσταση της Παναγίας δεομένης με δύο αγγέλους, που ιστορείται στο τεταρτοσφαίριο της κόγχης του ιερού, και η Κοινωνία των Αποστόλων, που απεικονίζεται στον ημικύλινδρο της κόγχης. Στο ίδιο στρώμα ανήκει και η Ανάληψη, που εικονογραφείται στο αέτωμα του ανατολικού τοίχου, καθώς και ο Ευαγγελισμός στο μέτωπο της κόγχης. Στο νότιο τοίχο διατηρούνται η Γέννηση, η Υπαπαντή και η Αποκαθήλωση και στο βόρειο ο Λίθος, η Εις Άδου Κάθοδος και ο άγιος Ιωάννης ο Θεολόγος με τη Θεοτόκο. Τέλος, στο ίδιο στρώμα εντάσσεται και η απεικόνιση ιεραρχών, προφητών και αγίων στο ιερό. Στις αρχές του 14ου αιώνα χρονολογείται η παράσταση του αγίου Ιωάννη με τη Θεοτόκο, στο ψευδοαρκοσόλιο της νότιας όψης του νότιου τοίχου.