Ο ιερός ναός του Αγίου Γερμανού κτίστηκε στις αρχές του 11ου αιώνα και αφιερώθηκε στη μνήμη του Γερμανού, Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, ο οποίος καθαιρέθηκε στην περίοδο της εικονομαχίας και σύμφωνα με μια γραπτή μαρτυρία του 11ου αιώνα αναδείχθηκε σε τοπικό άγιο της περιοχής. Είναι πιθανό να λειτούργησε ως επισκοπικός ναός των Πρεσπών, μετά την εγκατάλειψη της βασιλικής του Αγίου Αχιλλείου. Το 1882 κτίστηκε μια ευμεγέθης τρίκλιτη βασιλική, αφιερωμένη στον ίδιο άγιο, η οποία προσκολλήθηκε στο δυτικό τοίχο του βυζαντινού ναού. Ο ναός πανηγυρίζει στις 12 Μαϊου. Σύμφωνα με την τοπική παράδοση φιλοξενεί το σκήνωμα του αγίου Γερμανού στη χώρο της βόρειας κεραίας του σταυρού.

Αρχιτεκτονικά αποτελεί αντιπροσωπευτικό δείγμα μεταβατικού σταυροειδούς εγγεγραμμένου ναού με νάρθηκα. Ο τρούλος του έχει κυλινδρικό τύμπανο και στηρίζεται σε τέσσερις πεσσούς. Ανατολικά απολήγει σε τρεις ημικυκλικές αψίδες. Η πρόσβαση στο ναό γίνεται από δύο εισόδους. Η δυτική οδηγεί από το νάρθηκα προς το ιερό Βήμα της νεώτερης εκκλησίας, ενώ η αρχική νότια φράχθηκε το 1743 και αντί αυτής διανοίχθηκε μια δεύτερη δυτικότερα. Τα παράθυρα είναι ελάχιστα και μικρά και περιορίζονται στις δύο κεραίες του σταυρού (δύο), στον τρούλο (τέσσερα) και στην αψίδα του ιερού Βήματος (ένα).

Η τοιχοποιία του ναού, που αποκαλύφθηκε το 1998, αποτελείται από ζώνες λίθων εναλλασσόμενες με ζώνες πλίνθων και ενδιάμεσα κεραμοπλαστικά γράμματα στους κατακόρυφους αρμούς. Αυτά τα στοιχεία σε συνδυασμό με την κάτοψη του ναού και τη μορφή του τρούλου παραπέμπουν σε μνημεία των αρχών του 11ου αιώνα και πιθανώς στην περίοδο ανάκτησης της περιοχής από το Βασίλειο Β΄.

Δύο κτητορικές επιγραφές στο εσωτερικό του ναού, οι οποίες τοποθετήθηκαν με την ανακαίνισή του το 1743, μας πληροφορούν για τις διαφορετικές φάσεις κτίσης και ιστόρησής του. Ως έτος κτίσης του δίνεται ο 8ος αιώνας και ως δεύτερη φάση τοιχογράφησης το 1006, χρονολογίες που ελέγχονται ως ανακριβείς. Το έτος ανακαίνισης του ναού, 1743, τεκμηριώνεται τόσο για τις αρχιτεκτονικές μετατροπές όσο και για την τοιχογράφησή του.

Η ιστόρηση του ναού πραγματοποιήθηκε σε τρεις φάσεις. Το παλαιότερο στρώμα του 11ου αιώνα, που φαίνεται ότι συμβαδίζει με τη φάση ανέγερσης του ναού, έχει αποκαλυφθεί σε λίγα σημεία του ιερού Βήματος. Στα τέλη του 12ου - αρχές 13ου αιώνα χρονολογείται η προσωπογραφία του πάτρωνα αγίου Γερμανού, στο υπέρθυρο της φραγμένης, σήμερα, νότιας θύρας του ναού. Το 1743 καλύφθηκε όλο το εσωτερικό του ναού και του νάρθηκα με τοιχογραφίες, σύμφωνα με το καθιερωμένο εικονογραφικό πρόγραμμα των τρουλαίων ναών της εποχής, με πυκνή παράθεση του Δωδεκαόρτου και των Παθών. Παρά το γεγονός ότι το πρόγραμμα χρονολογείται στο 18ο αιώνα, διατηρεί πολλά στοιχεία της παράδοσης του 14ου και του 16ου αιώνα και τεχνοτροπικά εντάσσεται στο ρεύμα επιστροφής στα πρότυπα της μακεδονικής σχολής της εποχής του Πανσέληνου.

Οι αλλεπάλληλες μετασκευές, όπως το κλείσιμο της αρχικής θύρας και η αντικατάστασή της από τη θέση του επισκοπικού θρόνου, το κτίσιμο της κόγχης του διακονικού, οι μετασκευές στην εξωτερική τοιχοποιία του ιερού Βήματος και οι αλλαγές στο δάπεδο υποδηλώνουν τη συνεχή λειτουργία του. Ανασκαφική έρευνα που πραγματοποιήθηκε το 1997 στο δάπεδο του μνημείου αποκάλυψε απλές, ελεύθερες ταφές στο μεγαλύτερο μέρος του νάρθηκα, του κυρίως ναού και του διακονικού, πιθανώς των εκκλησιαστικών προσώπων που συνδέθηκαν με τη λειτουργία του ναού στους τελευταίους αιώνες της Τουρκοκρατίας.