Το πιο εντυπωσιακό οικοδόμημα του αρχαιολογικού χώρου στο Σέσκλο είναι το λεγόμενο ''μέγαρο'' (δωμάτια 1-2-3-4-5-6), που ανασκάφηκε από τον Χρ. Τσούντα στις αρχές του 20ού αιώνα. Κτίσθηκε κατά τη Νεότερη Νεολιθική περίοδο στο ψηλότερο σημείο του λόφου Καστράκι και περιβαλλόταν από ένα σύστημα κυκλικών λίθινων περιβόλων. Γύρω από αυτό τον κεντρικό πυρήνα διατάσσονταν τα υπόλοιπα σπίτια του οικισμού, που ήταν μικρότερα και απλούστερα σε κατασκευή.

Το οικοδόμημα έχει προσανατολισμό Α-Δ, αποτελείται από πρόδομο (1), κυρίως δωμάτιο (2) και θάλαμο (3) και η θύρα εισόδου του βρίσκεται στα δυτικά. Είχε λίθινα θεμέλια, ανωδομή από πλίνθους και ξύλινη στέγη. Το κυρίως δωμάτιο ήταν σχεδόν τετράγωνο, ευρύχωρο και είχε πήλινο δάπεδο, μέσα στο οποίο βρέθηκε τετράπλευρη πηλόκτιστη εστία με ταινιώδες περιχείλωμα. Τρεις κωνικές οπές που διακρίνονται στο μέσον του δωματίου ήταν υποδοχές για τους ξύλινους πασσάλους που στήριζαν τη στέγη. Στη βορειοδυτική γωνία του θαλάμου σώζονται δύο μικρές λίθινες κατασκευές ελλειπτικού σχήματος, που σχετίζονται με τις διάφορες δραστηριότητες των κατοίκων του σπιτιού. Ανατολικά του μεγάρου υπάρχει ένας ξεχωριστός τραπεζιόσχημος χώρος (δωμάτια 4-5-6), ο οποίος διαμορφώθηκε αργότερα και πιθανόν αποτελούσε τον οπισθόδομό του.

Σήμερα από το κτήριο σώζονται μόνο τα λίθινα θεμέλια, ενώ ένα τμήμα του, καθώς και ολόκληρη η νοτιοανατολική πλευρά της αυλής που εκτεινόταν γύρω του, έχουν καταρρεύσει στο παρακείμενο ρέμα. Παρ' όλα αυτά, το ''μέγαρο'' του Σέσκλου εξακολουθεί να παραμένει το πιο εντυπωσιακό οικοδόμημα της νεολιθικής εποχής σε ολόκληρη τη Θεσσαλία.