Ανατολικά του ναού της Ήρας, κατά τον κεντρικό άξονα του ναού, σώζονται τα θεμέλια ενός βωμού, που ήταν αφιερωμένος στη θεά Ήρα. Πρόκειται για μικρή, στενόμακρη κατασκευή, φτιαγμένη από πωρόλιθο, με μήκος 5,80 μ. και πλάτος 3,50 μ. Κτίστηκε τον 6ο αι. π.Χ., δηλαδή την ίδια περίοδο με το Ηραίο. Ωστόσο στη θέση αυτή υπήρχε και παλαιότερα ένας απλούστερος βωμός της Ήρας, ο οποίος σχηματιζόταν από τη στάχτη των ζώων που θυσιάζονταν στη θεά, όπως και ο μεγάλος βωμός του Δία.

Στο βωμό της Ήρας γίνεται σήμερα η αφή της Ολυμπιακής Φλόγας. Η τελετή καθιερώθηκε το 1936 στην Ολυμπιάδα του Βερολίνου και από τότε πραγματοποιείται κάθε 4χρόνια, πριν τους Ολυμπιακούς Αγώνες.

Η ιερή φλόγα ανάβει από κάτοπτρο με τις ακτίνες του ήλιου, και στη συνέχεια πομπή ιερειών την μεταφέρει στο Στάδιο. Από εκεί αρχίζει το μεγάλο ταξίδι της προς την πόλη που οργανώνει τους Ολυμπιακούς Αγώνες, μεταφέροντας με τον τρόπο αυτό το μήνυμα ειρήνης και συναδέλφωσης που στέλνει η Ολυμπία σε όλο τον κόσμο.