Το ιερό του Ερμή Κραναίου στην Πατσό Αμαρίου είναι γνωστό στη βιβλιογραφία από παλιά, καθώς μεγάλος αριθμός των ευρημάτων από τις λαθρανασκαφές του τέλους του 19ου αιώνα, βρίσκεται σήμερα στο Αρχαιολογικό Μουσείο του Ηρακλείου και στο Ashmolean Museum της Οξφόρδης.

Καθοριστικό στοιχείο για την ίδρυση του ιερού μέσα στο φαράγγι φαίνεται ότι υπήρξε η φυσική διαμόρφωση και η ιδιαίτερη φυσιογνωμία του χώρου - πηγές, πλούσια βλάστηση, επιβλητικοί βράχοι - γεγονός που αποδεικνύεται από την τέλεση των τελετουργιών απευθείας επάνω στους βράχους, χωρίς καμία προσπάθεια έστω και υποτυπώδους υποδομής. Οι λαθρανασκαφές του τέλους του 19ου αιώνα και οι εκτεταμένες διαμορφώσεις για τη λειτουργία της εκκλησίας του Αγίου Αντωνίου μέσα στη βραχοσκεπή, έχουν διαταράξει σε μεγάλο βαθμό τα αρχαία στρώματα.

Τα νεότερα ευρήματα τοποθετούν την έναρξη της λατρείας στο ιερό, στη μεσομινωική περίοδο, κατά την οποία κύριο χαρακτηριστικό είναι οι πυρές σε κοιλότητες των βράχων και η απόθεση των κυπέλλων που προφανώς χρησίμευαν για τις υγρές προσφορές. Τα ίδια δεδομένα ισχύουν γενικά και για τις αμέσως επόμενες περιόδους, με αυξονόμενη όμως την ποικιλία των αναθημάτων και ιδιαίτερα κατά την υπομινωική και γεωμετρική περίοδο, που ταυτίζεται και με μία πολύ ακμαία φάση του ιερού. Τα αναθήματα, εκτός από τα πολυάριθμα αγγεία που χρησίμευαν στην τελετουργική διαδικασία, είναι ειδώλια ανθρωπόμορφα και ζωόμορφα και μετάλλινα και λίθινα αντικείμενα. Στις περιόδους αυτές αυξάνονται σημαντικά και οι θυσίες των ζώων, όπως φαίνεται από τα οστά που περιέχονται στις πυρές και τα αντίστοιχα στρώματα.

Όπως προκύπτει από τα μέχρι τώρα δεδομένα, περίοδος μεγάλης ακμής του ιερού είναι και η αρχαϊκή. Εκτός από τις εκτεταμένες αποθέσεις, είναι πολύ μεγάλη η περιεκτικότητα σε οστά και κέρατα ζώων - ταύρων και αιγοειδών - μέσα ή κοντά στις τελετουργικές πυρές. Η πλειονότητα της κεραμικής ανήκει σε αγγεία υγρών, κυρίως πολυάριθμα μονωτά κύπελλα, συνήθως με μεταλλικό γάνωμα. Μεγάλο ενδιαφέρον όμως παρουσιάζουν και τα ειδώλια, από τα οποία ξεχωρίζουν οι πήλινοι κούροι.

Στους επόμενους αιώνες συνεχίζεται αδιάλειπτα η λειτουργία του ιερού, με έμπυρες θυσίες ζώων και ανάθεση των ίδιων κατηγοριών αντικειμένων, αλλά και πρόσθετη την κατηγορία των νομισμάτων από την ελληνιστική περίοδο και εξής. Κατά τη ρωμαϊκή περίοδο εμφανίζεται παράλληλα με τη λατρεία του Ερμή και εκείνη του Πανός, όπως δηλώνεται από την ανάθεση μαρμάρινου γλυπτού του θεού. Συγχρόνως φαίνεται να σταματούν ή να περιορίζονται οι θυσίες ζώων και στην κεραμική κυριαρχεί η παρουσία λύχνων, που πιθανώς δηλώνει νυχτερινές τελετουργίες.

Η διαχρονικότητα της λατρείας μπορεί να συνδεθεί ακόμα και με τη σύγχρονη ιδιότητα της ευγονίας, για την οποία πολλοί πιστοί προσφεύγουν σήμερα στον Άγιο Αντώνιο, προκειμένου να αποκτήσουν παιδιά.

Τα τελευταία χρόνια έχουν πραγματοποιηθεί εργασίες διαμόρφωσης του περιβάλλοντος χώρου του αρχαίου Ιερού για την ανάδειξή του και τη διατήρηση της ιδιαίτερης φυσιογνωμίας του φυσικού περιβάλλοντος της περιοχής (οριοθέτηση του αρχαίου ιερού, δημιουργία πρόσβασης και χώρου συγκέντρωσης, κατασκευή ξύλινου κιγκλιδώματος προστασίας κατά μήκος της πρόσβασης, εξομάλυνση του δαπέδου της βραχοσκεπής, τοποθέτηση ξύλινων αναβαθμών, τοποθέτηση ενημερωτικής πινακίδας, κλπ.).