Το ανάκτορο της Φαιστού, ένα από σημαντικότερα μινωικά ανάκτορα και το δεύτερο σε μέγεθος (περίπου 18.000 τ.μ.) μετά από αυτό της Κνωσού, είναι χτισμένο σε ένα ύψωμα στο δυτικό άκρο της μεγαλύτερης και πλουσιότερης πεδιάδας της Μεσαράς. Από το σημείο αυτό έλεγχε ο τοπικός άρχοντας-βασιλιάς όχι μόνο τα αγαθά του κάμπου αλλά και την έξοδο προς τη θάλασσα και τα λιμάνια του κόλπου της Μεσαράς (θέσεις Καλαμάκι, Κομμός και Μάταλα). Ο χαμηλός αυτός λόφος ανήκει σε μια σειρά μικρών λόφων που εκτείνονται προς τα αντολικά, ανάμεσα στον ορεινό όγκο της Ίδας βόρεια και των Αστερουσίων νότια, φθάνουν μέχρι τη θάλασσα και κλείνουν την πεδιάδα στα δυτικά. Κατά τη μυθολογία στη Φαιστό βασίλεψε η δυναστεία του Ραδάμανθυ, γιου του Δία και αδελφού του Μίνωα.

Το ανάκτορο της Φαιστού θεωρείται τυπικό δείγμα μινωικού ανακτόρου εξ αιτίας της εξαιρετικής αρχιτεκτονικής του σύνθεσης και της άψογης κατασκευής του. Το πρώτο ανάκτορο της Φαιστού κτίστηκε στην αρχή της 2ης χιλιετίας π.X., στην κορυφή του χαμηλότερου λόφου, που ισοπεδώθηκε και διαμορφώθηκε κατάλληλα. H ζωή του πρώτου ανακτόρου διήρκησε τρεις αιώνες περίπου (2000-1700 π.X.). Γύρω στο 1700 π.X. καταστρέφεται από μεγάλη πυρκαγιά. Πάνω στα ερείπια ένα νέο μεγαλοπρεπέστερο ανάκτορο οικοδομείται, το οποίο καταστρέφεται, όπως και τα άλλα μινωικά κέντρα στα μέσα του 15ου αι. π.X. Τα πιο πολλά ερείπια που ο επισκέπτης βλέπει σήμερα ανήκουν σε αυτό. Το ανάκτορο δεν λειτουργεί πλέον. Μόνο κάποια τμήματά του κατοικήθηκαν από ιδιώτες στην Ύστερη Μετανακτορική εποχή. Στα αρχαϊκά χρόνια ανήκει ο ναός της "Mεγάλης Mητέρας" ή Pέας που βρέθηκε χτισμένος πάνω σε παλαιοανακτορικά ερείπια στο νότιο τμήμα του ανακτόρου.

Στην περιοχή του αρχαιολογικού χώρου διακρίνονται λείψανα του παλαιού αλλά και του νέου ανακτόρου. Tα λείψανα του παλαιού ανακτόρου είναι σήμερα στεγασμένα. Η πρόσβαση γίνεται από μια πλακόστρωτη αυλή (δυτική αυλή). Ένας πομπικός δρόμος διασχίζει λοξά την αυλή. Στη βόρεια άκρη του υπάρχει μια σειρά από οκτώ βαθμίδες μήκους 22 μ. που χρησίμευαν σαν θεατρικές κερκίδες και στην απόληξη του δρόμου στα νότια βρίσκεται το πρόπυλο του Παλαιού Ανακτόρου με ένα μοναδικό κίονα. Στη βορειοανατολική άκρη της δυτικής αυλής βρίσκεται ένα παλαιοανακτορικό τριμερές ιερό. Πίσω από το ιερό βρίσκεται η μνημειώδης σκάλα των προπυλαίων του νέου ανακτόρου και στη συνέχεια τα προπύλαια, η πιο εντυπωσιακή είσοδος μινωικού ανακτόρου. Στα νοτιοανατολικά των προπυλαίων, δίπλα σε φωταγωγό, στενή σκάλα οδηγεί στις αποθήκες και δεξιά της σκάλας βρίσκεται το παλαιοανακτορικό δωμάτιο της δεξαμενής των καθαρμών. Ένας φαρδύς διάδρομος συνδέει τη δυτική με την κεντρική αυλή. Το τμήμα του ανακτόρου που βρίσκεται στη μέση της δυτικής πλευράς της κεντρικής αυλής αποτελείται από μικρά δωμάτια ιερών, όπως μαρτυρούν τα αντικείμενα λατρείας που ανακαλύφθηκαν εκεί. Σε ορισμένα μάλιστα βρέθηκαν διπλοί πελέκεις χαραγμένοι στους τοίχους.

Στην ανατολική πλευρά της κεντρικής αυλής αναπτύσσεται η πτέρυγα των εργαστηρίων. Από τη βόρεια γωνιά της ξεκινάει στενός διάδρομος με ανατολική κατεύθυνση που χωρίζει την ανατολική από τη βόρεια πτέρυγα. Νότια του διαδρόμου βρίσκονται τέσσερα επικοινωνούντα δωμάτια. Εδώ βρέθηκαν ρυτά, μια πρόχους, λίθινα κέρατα και διπλοί πελέκεις. Μια στοά με κιονοστοιχία βρίσκεται στα ανατολικά των δωματίων αυτών. Στη μέση της βόρειας πτέρυγας βρίσκεται η είσοδος της, όπου αναπτύσσονται τα βασιλικά διαμερίσματα. Ένας υπαίθριος, πλακόστρωτος διάδρομος, με αγωγό για την αποχέτευση των βρόχινων νερών, καταλήγει στη μικρή βόρεια αυλή. Δεξιά και αριστερά του διαδρόμου αναπτύσσονται μικρά δωμάτια. Ένας άλλος διάδρομος στα ανατολικά της βόρειας αυλής καταλήγει σε μια μεγαλύτερη ανατολική αυλή, με κλίβανο στο κέντρο της. Στο σημείο αυτό βρέθηκαν και δύο κεραμικοί τροχοί.

Από τη βόρεια αυλή ένας διάδρομος με βόρεια κατεύθυνση μας φέρνει στα βασιλικά διαμερίσματα, σε χαμηλότερο επίπεδο. Στα αριστερά του διαδρόμου βρίσκεται η αίθουσα της βασίλισσας. Πίσω απ' αυτή στενή σκάλα οδηγούσε στον άνω όροφο. Στα βόρεια της αίθουσας της βασίλισσας βρίσκεται το μέγαρο του βασιλιά, που στολιζόταν με πλούσιες τοιχογραφίες και ήταν στρωμένο με αλαβάστρινες πλάκες με κόκκινους αρμούς όπως και της βασίλισσας. Το βορειοανατολικό τμήμα του ανακτόρου αποτελεί ανεξάρτητο κομμάτι της Παλαιοανακτορικής εποχής και συνδέεται οργανικά με το ανάκτορο. Σε ένα από τα δωμάτια του βρέθηκε ο περίφημος δίσκος της Φαιστού, με ιερογλυφική γραφή τυπωμένη σπειροειδώς και στις δυο πλευρές του.

Οι έρευνες στο ανάκτορο άρχισαν το 1884 από τους Iταλούς Fred. Halbherr και Ant. Taramelli. Mετά την ανακήρυξη της Kρητικής Πολιτείας το 1898, ανασκαφές πραγματοποιήθηκαν από τους Halbherr και L. Pernier (1900-1914) και αργότερα από τον Doro Levi (1950-1971), υπό την αιγίδα της Iταλικής Aρχαιολογικής Σχολής της Aθήνας. Παράλληλα με τις ανασκαφές έγιναν και μικρής κλίμακας αναστηλώσεις και στερεωτικές εργασίες. Ορισμένοι χώροι προστατεύθηκαν με πλάκα μπετόν ή πλαστικό κάλυμμα.