Πολλές από τις γνωστές αρχαιολογικές θέσεις στην νότια παράκτια ζώνη του νομού Χανίων διασώζουν, επίσης, επιφανειακά ερείπια θρησκευτικών κτισμάτων της πρώιμης βυζαντινής περιόδου (5ος?6ος αι. μ.Χ.). Η Βασιλική Α΄, στα δυτικά όρια του παραθαλάσσιου οικισμού της Σούγιας, αποτελεί ένα σημαντικό θρησκευτικό κτίσμα, το οποίο είχε ανασκαφθεί και δημοσιευθεί τη δεκαετία του 1950 από τον ακαδημαϊκό Α. Ορλάνδο. Εντάσσεται σε ένα ευρύτερο σύνολο βασιλικών, τα υπολείματα των οποιών έχουν κατά το παρελθόν εντοπιστεί στην περιοχή μαζί με διάσπαρτα αρχιτεκτονικά μέλη, όπως το περίτεχνο δίζωνο κιονόκρανο με περιστέρια που εκτίθεται στη Βυζαντινή και Μεταβυζαντινή Συλλογή Χανίων.

Η Βασιλική Α΄ ήταν τρίκλιτη με ισοπλατή νάρθηκα και χρονολογείται στα μέσα του 6ου αιώνα μ.Χ. Ένα τριμερές πρόσκτισμα (πιθανόν βαπτιστήριο;) ήταν σε επαφή με το βόρειο κλίτος. Στη θέση του κεντρικού κλίτους κτίστηκε η σημερινή εκκλησία του Αγ. Παντελεήμονα και έξω από το νότιο κλίτος οργανώθηκε το κοιμητήριο του οικισμού. Πιθανόν και η Βασιλική Α΄να ήταν κοιμητηριακή, όπως μαρτυρεί η θέση της στα όρια του οικισμού, αλλά και ο εντοπισμός τάφων σε οικόπεδο στα ανατολικά, μέσα σε κτιστό περίβολο που συνδέεται με τη Βασιλική.

Ιδιαίτερα σημαντικά είναι τα ψηφιδωτά δάπεδα που διατηρούνται στο κεντρικό κλίτος και το νάρθηκα και παρουσιάζουν περίτεχνα διακοσμητικά θέματα (γεωμετρικά μοτίβα και παραστάσεις ελαφιού με βλαστό από κισσό, αντιμέτωπων παγωνιών με αγγείο με βλαστό ανάμεσά τους, κ.λ.π.).