Σταυροειδής εγγεγραμμένος ναός με οκτάπλευρο τρούλο, δικιόνιου τύπου, που χρονολογείται στον 12ο αιώνα. Η κόγχη του ιερού είναι εξαγωνική. Ο νάρθηκας στα δυτικά είναι μεταγενέστερος. Η τοιχοδομία του ναού είναι αμελής πλινθοπερίκλειστη στα ανώτερα μέρη και αργολιθοδομή (μεγάλοι δόμοι, αρχαίο οικοδομικό υλικό) με παρέμβλητη χρήση βησσάλων με περιορισμένη χρήση κεραμεικού διακόσμου. Στο εσωτερικό υπάρχουν σπαράγματα τοιχογραφιών του 12ου αιώνα. Επάνω στο επίχρισμα των τοιχογραφιών του νάρθηκα υπάρχουν ακιδογραφήματα πλοίων.

Η περιοχή είναι πλούσια σε αρχαιότητες που χρονολογούνται από την αρχαία και βυζαντινή περίοδο. Για τον Αγ. Ιωάννη Ελεήμονα και για τον οικισμό του Λυγουριού δεν υπάρχουν πληροφορίες από βυζαντινά ή μεταγενέστερα κείμενα, ενώ η παλαιότερη μνεία του κάστρου του Λυγουριού ανάγεται στα μέσα του 15ου αιώνα. Ο ναός δεν αποκλείεται να υπήρξε αρχικά καθολικό μονής, καθώς σε μικρή απόσταση εντοπίστηκαν λείψανα τοίχων μεσοβυζαντινής εποχής που ανήκαν ενδεχομένως σε κτήρια της Μονής.