Η παλαιοχριστιανική βασιλική του Μέσσου κτίστηκε στη θέση ''Κουκάλα'' ή ''Κοκκάλα'' της περιοχής Μέσσα στην αγροτική περιφέρεια της Αγίας Παρασκευής στη Μυτιλήνη. Βρίσκεται στο μέσο της κεντρικής οδικής αρτηρίας που ενώνει τη Μυτιλήνη με τη Μήθυμνα, σε απόσταση 35 χιλ. από τη Μυτιλήνη. Ο επισκέπτης ακολουθεί ένα αγροτικό χωματόδρομο για 700 περίπου μ. που οδηγεί στον αρχαιολογικό χώρο. Η τοποθεσία οφείλει την ονομασία της στη θέση της, στο κέντρο (μέσο) του νησιού.

Το ιερό του Μέσσου συνδέει την ύπαρξή του με την ανανέωση του Κοινού των Λεσβίων στα 200-197 π.Χ. Οι πρώτες ανασκαφές στο ιερό διενεργήθηκαν από το Γερμανό αρχαιολόγο R. Koldewey και αποκάλυψαν μεγάλο τμήμα του ιωνικού, ψευδοδίπτερου ναού του 4ου αι. π.Χ. Με την πάροδο του χρόνου, ο χώρος σκεπάστηκε από τις προσχώσεις του χειμάρρου Καλάμι.

Οι ανασκαφικές έρευνες στο χώρο αποκάλυψαν την ιστορία του ιερού και των μνημείων του καθώς και την αδιάκοπη λειτουργία του στο πέρασμα του χρόνου. Στο εσωτερικό του ιωνικού ναού, εντοπίστηκαν οικοδομικά κατάλοιπα προγενέστερου κτηρίου, αρχαϊκών χρόνων, που ταυτίζεται με ναό. Στο δεύτερο μισό του 4ου αι. π.Χ. κτίστηκε ο ψευδοδίπτερος ιωνικός ναός, ο οποίος φαίνεται ότι άρχισε να καταστρέφεται στον 3ο -4ο αι. μ. Χ. Μετά την καταστροφή του, το ιερό του Μέσσου έγινε εργαστηριακός χώρος, γεγονός που αποδεικνύεται με τον εντοπισμό κλιβάνων, σε επαφή σχεδόν με τη δυτική και τη βόρεια πλευρά του ναού καθώς και στα νότια του φυλακίου.

Η χρονολογία ανέγερσης της παλαιοχριστιανικής βασιλικής του Μέσσου πάνω στην κρηπίδα του αρχαίου ναού δεν είναι γνωστή. Για την οικοδόμησή της βασιλικής χρησιμοποιήθηκε αρχαίο οικοδομικό υλικό σε δεύτερη χρήση. Τα λιγοστά οικοδομικά λείψανα που διασώζονται σήμερα δεν μας επιτρέπουν να ανασυνθέσουμε με ασφάλεια το μέγεθος και τη μορφή της. Από τις ταφές που εντοπίστηκαν στο δάπεδο του ναού συνάγεται ότι η βασιλική ήταν κοιμητηριακή.

Η αδιάκοπη χρήση του χώρου επιβεβαιώνεται στο 10ο, 11ο και 14ο αι. μ. Χ. με βάση τα νομίσματα που έχουν εντοπιστεί: φόλλεις Κωνσταντινούπολης του Κωνσταντίνου Ζ΄ (913-959 μ.Χ.), του Κωνσταντίνου Ι΄ Δούκα (1059-1067 μ.Χ.), ανώνυμες φόλλεις του 10ου και 11ου αι., θησαυρός 48 χρυσών ενετικών δουκάτων που χρονολογούνται στην εποχή του δόγη Andrea Dandolo (1343-1354 μ.Χ.) καθώς και ασημένια δηνάρια των χρόνων του Φραγκίσκου Β΄ Γατελούζου (1384-1403).

Δε γνωρίζουμε τη διάρκεια ζωής της βασιλικής, ούτε το χρόνο ανέγερσης του μεταγενέστερου ναΐσκου του Ταξιάρχη στο εσωτερικό της. Το μόνο βέβαιο είναι ότι ο ναός του Ταξιάρχη προϋπήρχε του 17ου αι. καθώς ο Μητροπολίτης Μηθύμνης Γαβριήλ αναφέρεται σε αυτόν στο σύγγραμμά του ''Περιγραφή της Λέσβου''. Για την ανέγερσή του χρησιμοποιήθηκε υλικό από τον αρχαίο ναό και την προγενέστερη βασιλική. Ο ναΐσκος ήταν επίσης κοιμητηριακός, όπως αποδεικνύουν οι ταφές στο δάπεδο του και στα νότια και βόρεια του ναού καθώς και στους βοηθητικούς χώρους της βασιλικής. Πιθανότατα αποτελούσε το νεκροταφείο του μεσαιωνικού χωριού, τα ερείπια του οποίου έχουν εντοπιστεί σε απόσταση 300 μ. βορειοδυτικά. Στην ύπαρξη νεκροταφείων οφείλει κατά πάσα πιθανότητα η περιοχή την ονομασία της ''Κοκκάλα'' ή ''Κουκάλα''.

Από τη βασιλική σώζονται η μεγάλη πολυγωνική εξωτερικά (ημικυκλική εσωτερικά) αψίδα του ιερού, σε ύψος περίπου 40 εκ., τμήμα του δαπέδου της και διάσπαρτα αρχιτεκτονικά μέλη (βάσεις κιόνων, κιονόκρανα, κιονίσκοι, θωράκια από το φράγμα πρεσβυτερίου και τον άμβωνα κ.α.). Στον ημιυπαίθριο εκθεσιακό χώρο, στα αριστερά της εισόδου, εκτίθενται σήμερα κάποια από τα αρχιτεκτονικά μέλη της βασιλικής που έφεραν στο φως οι εργασίες διαμόρφωσης.

Ο ναός είχε για χρόνια χαθεί για να αποκαλυφθεί ξανά στα 1967-1968 από την Ζ΄ Αρχαιολογική Περιφέρεια Μυτιλήνης. Από το 1987 η Κ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων προχωρεί στην περίφραξη του χώρου, στην ηλεκτροδότηση, σε έργα αποστράγγισης και καθαρισμού καθώς και σε ανασκαφικές έρευνες. Το 2002 ξεκίνησαν από την Κ΄ ΕΠΚΑ οι εργασίες διαμόρφωσης και ανάδειξης του έργου που ολοκληρώθηκαν το 2004 με χρηματοδότηση από το ΠΕΠ Βορείου Αιγαίου.Οι εργασίες διαμόρφωσης και ανάδειξης του Αρχαιολογικού Χώρου στα Μέσα της Λέσβου έγιναν με τη συγχρηματοδότηση της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου και της Ευρωπαϊκής Ένωσης στα πλαίσια του Περιφερειακού Επιχειρησιακού Προγράμματος Βορείου Αιγαίου 2000-2006. Η μελέτη, ο σχεδιασμός και η σύνταξη του Τεχνικού Δελτίου πραγματοποιούνται από επιστημονική ομάδα της Κ΄ ΕΠΚΑ.