Παράλληλα με τα νέα ανάκτορα κατασκευάστηκαν στη μινωική Κρήτη αρκετές επαύλεις. Είχαν τη μορφή μικρών ανακτόρων με πολλούς ορόφους, εντυπωσιακή εσωτερική διακόσμηση, τοιχογραφίες, πολλά δωμάτια διαφορετικών χρήσεων, αποθηκευτικούς χώρους γεμάτους με πιθάρια, αύλειους χώρους και διαδρόμους. Κάποιες από τις επαύλεις, όπως της Τυλίσου και του Βαθυπέτρου, διέθεταν διαστάσεις ίσες με αυτές ενός μυκηναϊκού ανακτόρου.

Η μινωική έπαυλη του Βαθυπέτρου, βρίσκεται στη θέση Πίσω Λιβάδια, 4 χλμ. νότια από τις Αρχάνες και στη νοτιοανατολική πλευρά του Γιούχτα. Πρόκειται για μεγάλο κτήριο, σε μερικά του τμήματα διώροφο, με τοίχους διακοσμημένους με πολύχρωμο κονίαμα, χωρίς τοιχογραφίες. Η έπαυλη ήταν πιθανόν η οικία κάποιου τοπάρχη και έχει τα χαρακτηριστικά ενός ''μικρού ανακτόρου'' με κεντρική και δυτική αυλή, μικρό τριμερές ιερό, τρικιόνια στοά, υπόστυλη αίθουσα με τέσσερις τετράγωνους πεσσούς, αποθήκη με 16 πιθάρια και εργαστήρια. Φαίνεται ότι το κτήριο δεν τελείωσε ποτέ. Σημαντική είναι η εγκατάσταση σταφυλοπιεστηρίου στη νότια πτέρυγα, ενώ ελαιοπιεστήριο βρέθηκε στην αυλή. Ένα από τα πιο σπουδαία κινητά ευρήματα είναι μεγάλος ψευδόστομος αμφορέας με διακόσμηση για τη μεταφορά λαδιού.

Η έπαυλη άρχισε να χτίζεται περίπου το 1580 π.X. H οικοδόμηση της κράτησε γύρω στα 30 χρόνια, αλλά τελείωσε μόνο η δυτική πτέρυγα. Aπό την ανατολική πτέρυγα άρχισε να χτίζεται ο εσωτερικός τοίχος. Tο κτήριο καταστράφηκε, ίσως από σεισμό και εγκαταλείφθηκε στα 1550 π.X.

H ανασκαφή άρχισε το 1949 από τον Σπυρίδωνα Mαρινάτο και διήρκεσε μέχρι και το 1956. Παράλληλα με τις ανασκαφικές εργασίες έγιναν στερεωτικές και αναστηλωτικές εργασίες, οι οποίες συνεχίστηκαν έως το 1973. Σε ένα από τα αναστηλωμένα δωμάτια λειτουργεί μικρός εκθεσιακός χώρος με την κεραμική από την έπαυλη του Bαθύπετρου.