Η μονή αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα μοναστηριακά συγκροτήματα της Κρήτης, με πλήθος επισκεπτών. Είναι αφιερωμένη στο Γενέσιο της Θεοτόκου. Η αρχαιότερη μνεία του ονόματός της γίνεται σε έγγραφο του 1333, εποχή κατά την οποία αποτελούσε φέουδο του Λατινικού Πατριαρχείου της Κωνσταντινούπολης και ενοικιαζόταν από την πληρεξούσιό του L. Morosini στον Mario Cornario. Έχει υποστηριχθεί (Στ. Σπανάκης) ότι η ίδρυση της Μονής συνδέεται με τη θαυματουργή εικόνα της Παναγίας που βρίσκεται σήμερα στο ναό του Αγίου Αλφόνσου στο Εσκουιλίνο της Ρώμης και αποτελούσε κατά την παράδοση έργο του Αγίου Λαζάρου, μοναχού και αγιογράφου που έζησε την εποχή του εικονομάχου αυτοκράτορα Θεοφίλου (9ος αι.). Η ίδια εικόνα έχει χρονολογηθεί, είτε στον 11ο αι. (G. Gerola), είτε στον 16ο αι. (Α. Ξυγγόπουλος). Είναι πάντως γεγονός ότι η αρχαιότερη φάση τοιχογραφικού διακόσμου στο καθολικό ανάγεται στη δεύτερη δεκαετία του 14ου αι.

Η εικόνα της Παναγίας της Καρδιώτισσας συνδέθηκε με θαυματουργικές ιδιότητες, μνεία των οποίων γίνεται ήδη στα 1415 από τον Chr. Buondelmondi. Σύμφωνα με την παράδοση, η εικόνα στη διάρκεια της Εικονομαχίας μεταφέρθηκε στην Κωνσταντινούπολη, αλλά επέστεψε μόνη της στη μονή. Ακουλούθησε δεύτερη μεταφορά, κατά την οποία μάλιστα δέθηκε με αλυσίδα σε μαρμάρινο κίονα, αλλά και πάλι επέστρεψε, δεμένη πάνω στον κίονα που εκτίθεται στο προαύλειο της μονής. Στην περίοδο της Ενετοκρατίας η εικόνα κλάπηκε από έναν έμπορο κρασιού και μεταφέρθηκε στη Ρώμη. Στα 1735 αντικαταστάθηκε από άλλη εικόνα, διαφορετικού εικονογραφικού τύπου, η οποία θεωρείται σήμερα εξίσου θαυματουργή. Και αυτή εκλάπη στα 1982 από αρχαιοκαπήλους, οι οποίοι στη συνέχεια συνελήφθησαν.

Στα 1720 η μονή έγινε σταυροπηγιακή με πρωτοβουλία της οικογένειας Μαγγανάρη, που την ανακαίνισε. Στα 1866 και 1867 υπήρξε ορμητήριο Κρητών επαναστατών.

Από την αρχική, φρουριακού χαρακτήρα μονή διατηρείται σήμερα μόνο το καθολικό, που παρουσιάζει τέσσερις οικοδομικές φάσεις. Ο αρχικός μονόχωρος ναός της Παναγίας χρησιμοποιείται σήμερα ως ιερό βήμα, και χωρίζεται από τον υπόλοιπο χώρο με τέμπλο. Είναι άγνωστο πότε ακριβώς κτίστηκε το βόρειο παρεκκλήσιο. Ο πρώτος προς τα δυτικά νάρθηκας έχει τριμερή διάταξη, με εγκάρσιες προς τον μονόχωρο ναό οξυκόρυφες καμάρες και παράγωνη κάτοψη. Δυτικά του ανοίγεται ένας δεύτερος νάρθηκας, με επίσης παράγωνη κάτοψη, το εσωτερικό του οποίου καλύπτεται από καμάρα με διάταξη εγκάρσια προς τον προηγούμενο χώρο, χωρίς ενισχυτικά τόξα.

Οι γωνίες των κτισμάτων κατασκευάζονται εξωτερικά από πελεκητούς λίθους και οι προσόψεις των δυο ναρθήκων ακολουθούν τα πρότυπα της βυζαντινής αρχιτεκτονικής με τυφλά πλίνθινα ημικυκλικά τόξα, πλίνθινα τόξα παραθύρων και κεραμοπλαστικό διάκοσμο.

Ο αρχαιότερος τοιχογραφικός διάκοσμος διατηρείται στο χώρο του σημερινού ιερού (αρχικός ναός). Κάτω από την Βρεφοκρατούσα της κόγχης παριστάνονται οι Συλλειτουργούντες Ιεράρχες και στα πλάγια του θριαμβικού τόξου ο Ευαγγελισμός. Στην καμαρωτή οροφή του αρχικού ιερού εικονίζεται η Ανάληψη και στην υπόλοιπη οροφή αναπτύσσεται κύκλος με σκηνές από το βίο της Θεοτόκου. Η τεχνοτροπία είναι χαρακτηριστική για τις πρώτες δεκαετίες του 14ου αι. και συνδέει τη ζωγραφική αυτή με την περιοχή της Μακεδονίας. Τα ευγενικά πρόσωπα πλάθονται με ζωηρά χρώματα, η πλούσια ρέουσα πτυχολογία προσδίδει στις μορφές ιδιαίτερη σωματικότητα, οι κινήσεις χαρακτηρίζονται από έντονη ταραχή ή δραματική παθητικότητα και ο ρεαλισμός ορισμένες φορές φτάνει ως την υπερβολή. Στο κεντρικό κλίτος του πρώτου προς δυσμάς νάρθηκα, ο ανατολικός τοίχος κοσμείται με παράσταση της Κοίμησης της Θεοτόκου. Στην καμαρωτή οροφή υπάρχουν παραστάσεις από τη ζωή του Ιησού (Γέννηση, Όνειρο του Ιωσήφ, Φυγή στην Αίγυπτο, Βαϊοφόρος, Προδοσία Ιούδα, Χριστός Ελκόμενος, Έγερση του Λαζάρου, Μυροφόρες στον Τάφο, Εις Άδου Κάθοδος, Υπαπαντή, Πεντηκοστή) και στο δυτικό τοίχο εικονίζεται ο Μυστικός Δείπνος, ο Νιπτήρας και υπολείμματα της Σταύρωσης.Στο νότιο κλίτος του πρώτου νάρθηκα κυριαρχούν οι σκηνές από τη Δευτέρα Παρουσία με τη Δέηση στην κορωνίδα του ανατολικού τοίχου (πιο κάτω διατηρείται αποσπασματικά παράσταση του Επιτάφιου Θρήνου από προγενέστερο ζωγραφικό στρώμα του τέλους του 14ου αι.). Οι τοιχογραφίες του βορείου κλίτους του πρώτου νάρθηκα είναι μεταγενέστερες και ποιοτικά υποδεέστερες σε σχέση με αυτές του αρχικού ναού. Η ζωηρή κίνηση των μορφών, ειδικά στις σκηνές των Παθών, φτάνει ως τη βιαιότητα, η έκφραση των προσώπων είναι τραχιά, η απόδοση των λεπτομερειών του σκηνικού βάθους γίνεται με ισχυρά πρισματικά σχήματα και έντονες φωτεινές αντανακλάσεις. Τα χαρακτηριστικά αυτής της ζωγραφικής συνδέουν τον τοιχογραφικό διάκοσμο με το δραματικό ρεαλισμό της Μακεδονικής Σχολής.