Στα ριζά του λόφου της ακρόπολης, σε ένα υπερυψωμένο άνδηρο που δεσπόζει στο χώρο και σημαδεύεται από μια αιωνόβια βελανιδιά, σώζονται τα εντυπωσιακά ερείπια του ανακτόρου που σφραγίζουν με την επιβλητική παρουσία τους ακόμη και σήμερα την εικόνα των ερειπίων της πόλης. Το ανάκτορο των Αιγών που αποτελούσε βασικό πόλο του μεγάλου οικοδομικού προγράμματος του Φιλίππου Β΄ στην πόλη-λίκνο της δυναστείας, θα πρέπει να είχε ολοκληρωθεί πριν το 336 π.Χ., όταν ο βασιλιάς με πρόφαση τους γάμους της κόρης του με τον Αλέξανδρο της Ηπείρου γιόρτασε εδώ την παντοδυναμία του. Με έκταση περ. 9.250 τετρ. μ. στο ισόγειο, το κτήριο, μεγάλο τμήμα του οποίου ήταν διώροφο, είναι μεγαλύτερο από τα ελληνιστικά ανάκτορα της Δημητριάδος και του Περγάμου, ενώ σώζεται πολύ καλύτερα και η μορφή του είναι πολύ περισσότερο σαφής και ευανάγνωστη από ''τα βασίλεια'' της Πέλλας που γνώρισαν πολλές επεκτάσεις και τροποποιήσεις.

Ενταγμένο στην ίδια οικοδομική ενότητα με το θέατρο που βρίσκεται δίπλα του, το μεγάλο ορθογώνιο κτήριο είναι προσανατολισμένο σύμφωνα με τους γεωγραφικούς άξονες. Η πρόσβαση γινόταν από την ανατολική πλευρά, όπου με τρόπο πρωτοποριακό για την εποχή διαμορφωνόταν η πρόσοψη με το μνημειακό πρόπυλο στο κέντρο μιας εντυπωσιακής δωρικής κιονοστοιχίας. Τα μαρμάρινα κατώφλια της τριπλής βασιλικής εισόδου σώζονται ακόμη στη θέση τους, ενώ τα λίθινα αρχιτεκτονικά μέλη που μιμούνται παραθυρόφυλλα και τα χαριτωμένα ιωνικά κιονόκρανα που βρέθηκαν πεσμένα εδώ θα πρέπει να προέρχονται από την πρόσοψη του ορόφου. Ο συνδυασμός των ρυθμών, δωρικού και ιωνικού, τον οποίο βρίσκουμε ήδη στον Παρθενώνα, θα γίνει κυρίαρχη τάση για την μακεδονική αρχιτεκτονική που φαίνεται να την χαρακτηρίζει ο ''λειτουργικός εκλεκτικισμός''.

Περνώντας το πρόπυλο φτάνει κανείς στην αυλή που παραδοσιακά αποτελούσε το κέντρο, γύρω από το οποίο αρθρώνονταν οι χώροι και οι λειτουργίες κάθε σπιτιού. Όπως η πρόσοψη έτσι και η αυλή που είναι ακριβώς τετράγωνη αποκτά εδώ μια απολύτως κανονική μνημειακή μορφή με ένα τεράστιο περιστύλιο, σε κάθε πλευρά του οποίου υπάρχουν 16 λίθινοι δωρικοί κίονες που επιστέφονται από την χαρακτηριστική δωρική ζωφόρο. Κατασκευασμένα από πωρόλιθο τα αρχιτεκτονικά μέλη καλύπτονταν από λεπτότατα κονιάματα που θα πρέπει να τα φανταστούμε να λάμπουν στο λευκό του μαρμάρου και να ποικίλλονται με ζωηρό γαλάζιο και κόκκινο.

Η αυλή που χωράει άνετα καθιστούς περισσότερο από δύο χιλιάδες ανθρώπους λειτουργούσε όχι μόνον σαν πνεύμονας του σπιτιού, αλλά κυρίως σαν χώρος όπου επικεντρωνόταν η πολιτική και κοινωνική ζωή του κράτους, Στην ανατολική πλευρά του ανακτόρου υπάρχει μία μεγάλη κυκλική αίθουσα, η λεγόμενη θόλος, στην οποία βρέθηκαν αναθηματικές επιγραφές που αναφέρουν τον ''πατρώο Ηρακλή'', τον θεό που οι Μακεδόνες βασιλιάδες τιμούσαν σαν πρόγονό τους μαζί με τη βάση μιας κατασκευής που θα μπορούσε να είναι βωμός ή βάθρο. Οι χώροι στην περιοχή αυτή φαίνονται στο σύνολο τους να έχουν ''ιερό'' χαρακτήρα, εξυπηρετώντας τις αυξημένες λατρευτικές ανάγκες του βασιλιά που ήταν συγχρόνως και αρχιερέας .

Χώροι συμποσίων, ανδρώνες, με δάπεδα στρωμένα με ψηφιδωτά από βότσαλα υπήρχαν στην ανατολική και την βόρεια πλευρά όπου δύο διάδρομοι οδηγούσαν από το περιστύλιο στον εξώστη, μια ευρύχωρη βεράντα με πανοραμική θέα στην πόλη και σε ολόκληρη τη μακεδονική λεκάνη που αποτελεί μία ακόμη καινοτομία του ανακτόρου των Αιγών.

Ιδιαίτερα επίσημο χαρακτήρα φαίνονται να έχουν οι πέντε χώροι της νότιας πλευράς, από τους οποίους οι τρεις σχηματίζουν κλειστό σύνολο με πρόσβαση από τον μεσαίο που δίνει την εντύπωση προθαλάμου, καθώς ανοίγεται προς την αυλή με ένα ιδιαίτερα μνημειακό πολύθυρο με τρεις ιωνικούς αμφικίονες. Όλοι αυτοί οι χώροι είχαν ψηφιδωτά δάπεδα, ένα από τα οποία σώζεται σε καλή κατάσταση. Φτιαγμένο από μικροσκοπικά λευκά, μαύρα, γκρίζα, αλλά και κίτρινα και κόκκινα βότσαλα, το ψηφιδωτό αυτό θυμίζει χαλί με ένα εντυπωσιακό λουλούδι να ανθίζει στο κέντρο του, πλαισιωμένο από πολύπλοκα ελικωτά βλαστάρια και λουλούδια που εγγράφονται σε έναν κύκλο. Ο πολλαπλός μαίανδρος και ο σπειρομαίανδρος που στολίζουν την περιφέρεια του κύκλου μοιάζουν πολύ με αυτούς που βρίσκουμε στη χρυσελεφάντινη ασπίδα του Φιλίππου Β΄. Ξανθές νεράιδες, μισές γυναίκες-μισά λουλούδια, φυτρώνουν στις γωνίες, ποικίλλοντας με μια ευχάριστη νότα ζωντάνιας και χάρης το σύνολο που παρά τη φαινομενική πολυπλοκότητά του υποτάσσεται στην καθαρή γεωμετρία της αυστηρής συμμετρίας.

Γύρω από το ψηφιδωτό υπάρχει ένα πλατύ σκαλοπάτι, επάνω στο οποίο τοποθετούνταν οι κλίνες των συνδαιτυμόνων για τα συμπόσια. Ανάλογες κατασκευές υπήρχαν και στα υπόλοιπα δωμάτια του ανακτόρου και βεβαιώνουν ότι όλοι χρησιμοποιούνταν σαν χώροι συμποσίων. Περισσότερο λιτές είναι οι τρεις τεράστιες αίθουσες της δυτικής πλευράς με τα μαρμαροθετήματα. Υπολογίζεται πως στο ανάκτορο υπήρχε χώρος συνολικά για 278 κλίνες. Ο Φίλιππος δηλαδή μπορούσε να παραθέσει συμπόσιο σε περισσότερους από 500 καλεσμένους συγχρόνως, αριθμός πρωτοφανής για τα ελληνικά δεδομένα.

Εξοπλισμένο με όλες τις ανέσεις της εποχής το ανάκτορο διέθετε ένα άψογο σύστημα αποχέτευσης αλλά και ύδρευσης που έφερνε μέχρι εδώ το δροσερό νερό από τις πηγές του βουνού. Στον όροφο που υπήρχε στην ανατολική αλλά και στη δυτική πλευρά θα πρέπει να βρισκόταν, όπως συνήθως, τα διαμερίσματα των γυναικών και οι κοιτώνες. Ιδιαίτερα εντυπωσιακή και πολυτελής ήταν η κορινθιακού τύπου κεράμωση των στεγών.

Συγχωνεύοντας με τρόπο εξαιρετικά εφευρετικό στοιχεία δημόσιας και ιδιωτικής αρχιτεκτονικής ο μεγαλοφυής αρχιτέκτονας του ανακτόρου των Αιγών καταφέρνει να δημιουργήσει ένα κτίριο μοναδικό, λιτό και λειτουργικό και συγχρόνως απόλυτα μνημειακό και επιβλητικό, δίνοντας πραγματική μορφή και υπόσταση στην ιδέα του δεσπόζοντος κέντρου από όπου εκπορεύεται κάθε εξουσία. Έτσι η κατοικία του βασιλιά των Μακεδόνων, του ηγεμόνα και αρχιστράτηγου των Πανελλήνων, το μόνο ανάκτορο της κλασικής Ελλάδας που γνωρίζουμε, όντας η έδρα της πολιτικής εξουσίας και συγχρόνως το κέντρο της πνευματικής δημιουργίας, γίνεται ένα αληθινό μνημείο μεγαλοπρέπειας, λειτουργικότητας και μαθηματικής καθαρότητας, το οποίο μέσα από την απόλυτη συνέπεια της γεωμετρίας του συνοψίζει την πεμπτουσία του ευ ζην, υλοποιώντας το πρότυπο της ιδανικής κατοικίας και αποτελώντας το αρχέτυπο του οικοδομήματος με περιστύλιο που θα σφραγίσει την αρχιτεκτονική της ελληνιστικής οικουμένης και θα επαναληφθεί χιλιάδες φορές σε ολόκληρο τον ελληνιστικό κόσμο, χωρίς ωστόσο καμιά από τις επαναλήψεις να φτάσει τη σαφήνεια, την πληρότητα και την απόλυτη καθαρότητα του πρωτοτύπου

Στα χρόνια των Αντιγονιδών, τον 3ο αι. π.Χ. μια νέα πτέρυγα με περίστυλη αυλή χτίστηκε στα δυτικά του ανακτόρου για να καλύψει τις αυξημένες ανάγκες των ενοίκων. Μετά την κατάλυση του βασιλείου από τους Ρωμαίους το 168 π.Χ. το ανάκτορο καταστρέφεται μαζί με την πόλη των Αιγών και δεν ξαναχτίζεται ποτέ. Ωστόσο, παρά την καταστροφή, ο χώρος φαίνεται πως κρατά στην συνείδηση των κατοίκων κάτι από την ιερότητά του και όχι μόνον δεν καταπατείται αλλά, όπως δείχνει ο βωμός και τα λείψανα των θυσιών των ύστερορωμαϊκών χρόνων που βρέθηκαν στο δωμάτιο με το ψηφιδωτό, γίνεται τόπος λατρείας.

Οι Αιγές εξαφανίζονται και ξεχνιούνται ωστόσο η ανάμνηση του βασιλικού οίκου εξακολουθεί να ζει στο βυζαντινό όνομα Παλατίτζια που στοιχειώνει τον τόπο ως σήμερα. Ακόμη και η λατρεία συνεχίζεται στο χώρο που στη συλλογική μνήμη καταγράφηκε σαν τόπος ιερός. Μετά τον ρωμαϊκό βωμό ήρθε η μικρή εκκλησούλα της Αγίας Τριάδας: χτισμένη στη σκιά της αιωνόβιας βελανιδιάς στα χρόνια της τουρκοκρατίας διαλύθηκε το 1961 για να προχωρήσει η ανασκαφή.

Στο μεταξύ το ανάκτορο έγινε νταμάρι και χτίστηκαν με τις πέτρες του τα χωριά της περιοχής, τελευταία από όλα στη δεκαετία του είκοσι η ίδια η Βεργίνα.