Ο ναός του Αγίου Ιωάννη, τιμώμενος και στο όνομα αγίου Νικολάου και Σώζοντος, βρίσκεται έξω και βόρεια από το κάστρο της Κιμώλου. Είναι ο μεγαλύτερος από τους μεταβυζαντινούς ναούς της Χώρας. Η ανέγερσή του χρονολογείται στο 17ο αιώνα. Η παράδοση αναφέρει ότι κτίσθηκε από κάποια γυναίκα με το όνομα «Χρυσή», πληροφορία που επιβεβαιώνεται και από δωρητήριο έγγραφο του 1793, από το οποίο προκύπτει, ότι ο ναός τότε ανήκε στη Χρυσή Ι. Γοζαδίνου.

Είναι δίκλιτος με ισομήκη, αλλά άνισα κατά το πλάτος τους κλίτη, που χωρίζονται μεταξύ τους με τοξοστοιχία στηριζόμενη σε πεσσούς. Το μεγαλύτερο νότιο κλίτος στεγάζεται με καμάρες και οκτάπλευρο εξωτερικά τρούλο, ενώ το βόρειο κλίτος με ημικυκλική καμάρα. Στα ανατολικά τα δύο κλίτη απολήγουν σε άνισες ημικυκλικές αψίδες. Ο ναός είναι κτισμένος με λαξευμένους ντόπιους πωρόλιθους και η κύρια είσοδός του διαμορφώνεται στη νότια πλευρά του, ενώ επάνω του υψώνεται δίλοβο καμπαναριό. Στην ίδια πλευρά διαμορφώνεται και ωραίο δίλοβο παράθυρο. Στο εσωτερικό σώζεται το καλοδουλεμένο ξυλόγλυπτο τέμπλο, που καταλαμβάνει ως ενιαίο το πλάτος και των δύο κλιτών. Οι δεσποτικές εικόνες του τέμπλου είναι έργα του 17ου και 18ου αιώνα, και αρκετές σχετίζονται με την τέχνη του εργαστηρίου των κρητικών αγιογράφων Σκορδίληδων, που ήταν εγκατεστημένοι στη γειτονική Μήλο.