Στις αρχές του περασμένου αιώνα ο Δημήτριος Ευαγγελίδης, τότε Έφορος Αρχαιοτήτων Νήσων Αιγαίου, διενεργώντας ανασκαφικές τομές στην αγροτική περιοχή Κλοπεδή, βόρεια του κόλπου της Καλλονής, πλησίον του οικισμού της Αγίας Παρασκευής, αποκάλυψε δύο σημαντικά ναϊκά οικοδομήματα των αρχαϊκών χρόνων, σπάνια δείγματα αιολικού ρυθμού, όπως μαρτυρούν τα κατά χώραν σωζόμενα αρχιτεκτονικά στοιχεία και τα περισυλλεχθέντα από την περιοχή αιολικού τύπου κιονόκρανα.

Μετά από τις πρώτες έρευνες το μνημείο ξεχάστηκε και ο χώρος παρέμεινε ερειπωμένος, έως το 1962 που περιφράχθηκε, προκειμένου να προστατευθεί από την εκτεταμένη λιθορυχία. Κατόπιν, το 1972 πραγματοποιήθηκαν στην γύρω περιοχή εργασίες περισυλλογής των πολυάριθμων διάσπαρτων αρχιτεκτονικών μελών, καθώς και περιορισμένης έκτασης ανασκαφική έρευνα. Ανασκαφές στον αρχαιολογικό χώρο του Ιερού διενεργήθηκαν από την Κ΄ΕΠΚΑ αρκετά χρόνια αργότερα, κατά τα έτη 1992-1993, και μαζί σημαντικές εργασίες συντήρησης και προστασίας των αρχιτεκτονικών μελών.

Από το 2010 έως σήμερα, χάρη στην ένταξη του έργου στο ΕΣΠΑ, οι εργασίες στους δύο Ναούς και στον περιβάλλοντα χώρο τους συνεχίζονται, με στόχο την ανάδειξη των μνημείων και τη διαμόρφωση ενός οργανωμένου και επισκέψιμου αρχαιολογικού χώρου. Σύμφωνα με τη μελέτη, μετά την ολοκλήρωση των εργασιών ο περιφραγμένος αρχαιολογικός χώρος θα διαθέτει φυλάκιο στην είσοδο, καθώς και εκθετήριο αρχιτεκτονικών μελών. Με ειδικές διαδρομές πρόσβασης θα οδηγείται ο επισκέπτης από την είσοδο προς τον πυρήνα του Ιερού. Στις διαδρομές και όπου δημιουργούνται πλατώματα θα υπάρχουν καθιστικά και στέγαστρο. Για την ανάγνωση του μνημείου, στον χώρο θα υπάρχουν επεξηγηματικές πινακίδες, ενώ θα διατίθεται ενημερωτικό φυλλάδιο με αρχαιολογικά κείμενα, φωτογραφίες και σχέδια του μνημείου.