Ο κόλπος της Σούδας προσφέρει ένα από τα ασφαλέστερα φυσικά λιμάνια της Μεσογείου, η στρατηγική σημασία του οποίου αναγνωρίστηκε ήδη από την αρχαιότητα. Το 16ο αιώνα όταν ο τουρκικός κίνδυνος άρχισε να διαφαίνεται και στην Κρήτη, η Βενετία αποφασίζει την αμυντική θωράκιση του λιμανιού με την οχύρωση της μεγάλης βραχονησίδας που βρίσκεται στην είσοδο του.

Μετά την παράδοση του Χάντακα το 1669, η Βενετία κράτησε τα τρία φρούρια της Κρήτης: Σούδα, Γραμβούσα και Σπιναλόγκα.

Το φρούριο μετά από ηρωική αντίσταση και κάτω από αντίξοες συνθήκες, υπέκυψε στα τέλη Σεπτεμβρίου του 1715, κατά τη διάρκεια των επιχειρήσεων του έβδομου βενετοτουρκικού πολέμου.

Μετά την παράδοση του φρουρίου και την ολοκληρωτική επικράτηση των Τούρκων, το λιμάνι της Σούδας λόγω της στρατηγικής του σημασίας εξακολούθησε να προσφέρει τις ίδιες υπηρεσίες, έγινε δηλαδή πολεμικός ναύσταθμος, μόνιμο αγκυροβόλιο και σταθμός ανεφοδιασμού των μουσουλμανικών στόλων.

Όταν η Κρήτη πέρασε στην κηδεμονία των Μεγάλων Δυνάμεων (1898), η φρουρά της Σούδας, 100 άνδρες, ήταν η τελευταία τουρκική δύναμη που αποχώρησε από τη μεγαλόνησο (3 Νοεμβρίου 1898), ενώ το λιμάνι έγινε μόνιμο αγκυροβόλιο των τεσσάρων ευρωπαϊκών στόλων. Η τουρκική σημαία αφαιρέθηκε από το φρούριο στις 14 Φεβρουαρίου 1913.