Κατασκευάστηκε από τον Αλή πασά των Ιωαννίνων στις αρχές του 19ου αιώνα, προκειμένου να ελέγξει το φυσικό πέρασμα από τις ακτές του Ιονίου στην Ηπειρωτική ενδοχώρα, που οδηγούσε στα λιμάνια μεταξύ Πάργας και Πρέβεζας. Παράλληλα, η περιοχή του Ελευθεροχωρίου αποτελούσε το όριο μεταξύ των εδαφών του Πασά των Ιωαννίνων και των μπέηδων της Παραμυθιάς και του Μαργαριτίου.

Κατά τους πρώτους μήνες του 1801, μετά τη συμφωνία των Σουλιωτών με τους τοπικούς μπέηδες, ο Αλή θα προσπαθήσει να ελέγξει το πέρασμα του Ελευθεροχωρίου, κατασκευάζοντας το οχυρό. Στην ίδια θέση χτίζεται τελωνείο και λαζαρέτο για την αντιμετώπιση της πανώλης στα εδάφη του Πασαλικίου. Σύμφωνα με τον Leake, που επισκέφθηκε την περιοχή το 1809, στην πορεία του από Παραμυθιά προς Ιωάννινα συνάντησε το εγκαταλειμμένο χωριό του Ελευθεροχωρίου όπου υπήρχαν δύο κούλιες, ένα τριγωνικό κάστρο και ένα τελωνείο.

Το οχυρό του Ελευθεροχωρίου φαίνεται ότι εγκαταλείφτηκε μετά την άλωση του Σουλίου και την καθυπόταξη των μπέηδων της Παραμυθιάς στα 1807 ή ξεκίνησε σταδιακά η εγκατάλειψή του, καθώς μειώθηκε η αμυντική του σημασία για τη φύλαξη του περάσματος.