Ο γεωμετρικός οικισμός της Ζαγοράς βρίσκεται στο οροπέδιο μιας ιδιόμορφης και αρκετά απόκρημνης χερσονήσου, σε υψόμετρο 160μ. ΄Ηδη στα τέλη του 19ου αιώνα, ο Εφορος Αρχαιοτήτων Αντ. Μηλιαράκης είχε επισημάνει τον οικισμό, αλλά οι πρώτες ανασκαφές έγιναν το 1960 από τον ΄Εφορο Αρχαιοτήτων Νικόλαο Ζαφειρόπουλο. Μεγαλύτερης έκτασης ανασκαφές, που έφεραν στο φως μεγάλο τμήμα του οικισμού διεξήχθησαν από τον καθηγητή Αλέξανδρο Καμπίτογλου από το 1965 μέχρι το 1972.

Κατά τις ανασκαφές αποκαλύφθηκε μεγάλο τμήμα του γεωμετρικού οικισμού (10ος-8ος αιώνας π.Χ.), που προστατεύεται με ισχυρό τείχος προς την ενδοχώρα, μήκους 110μ. Η είσοδος στον οικισμό γινόταν από μια μεγάλη πύλη, που ανακατασκευάσθηκε κατά τον 6ο αι. π.Χ. , όταν κτίστηκε και ο ναός.

Το ιερό, του οποίου η ίδρυση ανάγεται στον 8ο αι. π.Χ. , συνέχισε να λειτουργεί μέχρι και τον 5ο αι. π.Χ., παρόλο που ο οικισμός είχε εγκαταλειφθεί γύρω στο 700π.Χ. Ο ναός, που κτίστηκε γύρω στο 575-500 π.Χ., είναι μεγαρόσχημος με κλειστό πρόναο και σηκό, που περιέκλεισε τον παλαιό βωμό. ΄Ισως εδώ λατρευόταν η Αθηνά. Τα ευρήματα του οικισμού εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ανδρου.

Στον αρχαιολογικό χώρο έχουν γίνει μικρής κλίμακας στερεωτικά έργα, κυρίως στους τοίχους των κατοικιών.