To σημαντικότερο κέντρο του Μινωικού Πολιτισμού, η Κνωσός, αναπτύσσεται πάνω στο ύψωμα της Κεφάλας μέσα σε ελιές, αμπέλια και κυπαρίσσια και βρίσκεται 5 χιλ. νοτιοανατολικά του Ηρακλείου. Δίπλα της ρέει ο ποταμός Καίρατος (ο σημερινός Κατσαμπάς). Σύμφωνα με την παράδοση αποτέλεσε την έδρα του βασιλιά Μίνωα και πρωτεύουσα του κράτους του. Με το χώρο του ανακτόρου της Κνωσού συνδέονται οι συναρπαστικοί μύθοι του Λαβύρινθου με τον Μινώταυρο και του Δαίδαλου με τον Ίκαρο. Αναφορές στην Κνωσό, το ανάκτορό της και το Μίνωα γίνονται στον Όμηρο (ο κατάλογος πλοίων της Ιλιάδας αναφέρει ότι η Κρήτη απέστειλε 80 πλοία υπό τις διαταγές του βασιλιά της Κνωσού, Ιδομενέα. Οδύσσεια, τ 178-9), στο Θουκυδίδη (αναφορά στο Μίνωα), στον Ησίοδο και Ηρόδοτο, στο Βακχυλίδη και Πίνδαρο, στον Πλούταρχο και Διόδωρο το Σικελιώτη. Η περίοδος ακμής της πόλης ανάγεται στη μινωική εποχή (2000 - 1350 π.Χ.) κατά την οποία αποτελεί το βασικότερο και πολυπληθέστερο κέντρο της Κρήτης. Και σε μεταγενέστερες περιόδους διαδραματίζει σημαντικό ρόλο και αναπτύσσεται ιδιαίτερα, όπως στην ελληνιστική εποχή.

Η πόλη της Kνωσού κατοικήθηκε συνεχώς από τα τέλη της 7ης χιλιετίας έως και τα ρωμαϊκά χρόνια. Η νεολιθική εποχή χαρακτηρίζεται από το στάδιο της τεχνολογικά εξελιγμένης αγροτικής ζωής (λίθινα εργαλεία και υφαντικά βαρίδια). Οι κάτοικοι από τροφοσυλλέκτες γίνονται οι ίδιοι παραγωγοί (γεωργοί και κτηνοτρόφοι) και παρατηρείται η τάση για μια πιο συστηματική και μόνιμη εγκατάσταση. Οι οικιστικές φάσεις στην Κνωσό διαδέχονται η μια την άλλη, ενώ ο πληθυσμός του οικισμού στα τέλη της Ύστερης Νεολιθικής Εποχής υπολογίζεται σε 1.000 - 2.000 κατοίκους.

Στην Εποχή του Χαλκού, η οποία χαρακτηρίζεται από την κατεργασία του χαλκού, συνεχίζεται πιθανόν η ανάπτυξη του οικισμού. Ωστόσο, κατά τις εργασίες που έγιναν για την κατασκευή του ανακτόρου καταστράφηκαν πολλά παλιότερα κτίσματα. Ο οικισμός, πλέον, αναφέρεται ως Ko-no-so στα κείμενα της Γραμμικής Γραφής Β΄ του 14ου αι. π.X. Ιδιαίτερα έντονη ήταν η κατοίκηση με τα πρώτα (19ος-17ος αι. π.X.), δεύτερα ανάκτορα (16ος-14ος αι. π.X.) και τις πολυτελείς οικίες, τον ξενώνα και τα μινωικά έργα υποδομής. Τα ανάκτορα κτίζονται σε θέσεις που ελέγχουν πεδιάδες και προσβάσεις από τη θάλασσα, ενώ παράλληλα αναπτύσσονται και σημαντικοί οικισμοί γύρω από αυτά. Πόλεις και ανάκτορα μένουν ωστόσο ατείχιστα, επιβεβαιώνοντας τη λεγόμενη pax minoica. Γύρω στο 1700 π.Χ. πιθανόν ένας μεγάλος σεισμός καταστρέφει την Κνωσό και οδηγεί σε εργασίες μεγάλης κλίμακας στην πόλη και στο ανάκτορο. Η πόλη της Κνωσού αναπτύχθηκε σε μεγάλη έκταση και ο πληθυσμός της υπολογίστηκε από τον Evans γύρω στους 80.000 κατοίκους.

Το 1450 π.Χ., μετά από μερική καταστροφή της Κνωσού, εγκαθίστανται στην πόλη Μυκηναίοι, χωρίς όμως να ξανακτίσουν τα ανάκτορα. Από τις επόμενες περιόδους σώζονται λίγα λείψανα, τα περισσότερα από τα οποία είναι τάφοι και ένας μικρός κλασικός ναός στην περιοχή του ανακτόρου. Μεγάλη άνθιση γνώρισε η πόλη κατά την ελληνιστική περίοδο (ιερό Γλαύκου, ιερό Δήμητρας, λαξευτοί τάφοι, χρήση βόρειου νεκροταφείου, οχυρωματικοί πύργοι). Το 67 π.X. ο Quintus Caecilius Metellus Creticus κατέλαβε την Κνωσό και ίδρυσε ρωμαϊκή αποικία με το όνομα Colonia Julia Nobilis. Στην περίοδο αυτή ανήκει η ''έπαυλη του Διονύσου'' με τα θαυμάσια ψηφιδωτά.

Στη βυζαντινή εποχή η Κνωσός αποτέλεσε έδρα επισκόπου, ενώ διατηρούνται ακόμη τα λείψανα βασιλικής του 6ου αι. μ.Χ. Μετά την αραβική κατάκτηση της Κρήτης, το λιμάνι του Ηρακλείου αρχίζει να αποκτά μεγαλύτερη σπουδαιότητα, ενώ η Κνωσός αρχίζει να ξεχνιέται σιγά-σιγά. Ένας μικρός οικισμός κτίστηκε πάνω στα ρωμαϊκά ερείπια και αναφέρεται σαν ''Μακρύτοιχος'', παίρνοντας το όνομα του από ένα μακρύ τοίχο, λείψανο της ρωμαϊκής Κνωσού.

Η Κνωσός εντοπίστηκε το 1878 από το Mίνωα Kαλοκαιρινό. Ο A. Evans άρχισε συστηματικές ανασκαφές το 1900, οι οποίες συνεχίστηκαν έως το 1931 με την ανακάλυψη του ανακτόρου, μεγάλου τμήματος της μινωικής πόλης και των νεκροταφείων. Έκτοτε συνεχίζονται οι ανασκαφές στην ευρύτερη περιοχή της Kνωσού από την Αγγλική Αρχαιολογική Σχολή και την ΚΓ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων.