Κατά την διάρκεια της Νεώτερης Νεολιθικής, ο οικισμός φαίνεται να έχει εγκαταλειφθεί ως την δεύτερη φάση της Πρώιμης Εποχής του Χαλκού (περίπου από το 2500 π.Χ.) οπότε σημειώνεται ακμή. Τότε οχυρώνεται και κτίζεται ένα μεγάλο ορθογώνιο κτήριο, που ονομάστηκε "Οικία των Κεράμων" από τους άφθονους κεράμους της στέγης του που βρέθηκαν κατά την ανασκαφή του. Σ΄ένα από τα δωμάτιά του υπήρχαν τμήματα καμένου πηλού με αποτυπώματα σφραγίδων, τα οποία, μαζί με τα υπόλοιπα ευρήματα, ερμηνεύουν θαλάσσιες επικοινωνίες και εμπόριο με άλλες περιοχές του Αιγαίου. Το κτήριο αυτό καθώς και η οχύρωση καταστράφηκαν πριν από το τέλος της Πρώιμης Εποχής του Χαλκού (2200 π.Χ.).

Ο οικισμός παρέμεινε κατοικημένος μετέπειτα και κατά την διάρκεια της Μέσης Εποχής του Χαλκού (περίπου μέχρι το 1700 π.Χ.).

Κατά την διάρκεια της Μυκηναϊκής περιόδου (1600-1200 π.Χ.), ο χώρος χρησιμεύει ως νεκροταφείο και για σποραδική κατοίκηση. Γύρω στο 1250 π.Χ., το ύψωμα της Λέρνας εγκαταλείπεται οριστικά.