O οικισμός της Βασιλικής, ένας από τους πρώτους μινωικούς οικισμούς με πολεοδομική οργάνωση, καταλαμβάνει τις πλαγιές και την κορυφή χαμηλού λόφου που βρίσκεται κοντά στο χωριό Βασιλική, πολύ κοντά στον μινωικό οικισμό των Γουρνιών. Ξεκινά την ύπαρξή του στην Πρωτομινωική ΙΙ εποχή (2600-2300 π.Χ.) και οφείλει την ακμή του όχι μόνο στη σημαντική του θέση, απ΄όπου γίνεται η διέλευση του Ισθμού της Ιεράπετρας, αλλά και στην εύφορη πεδιάδα της περιοχής. Το κεντρικό κτήριο του οικισμού καταστράφηκε από φωτιά γύρω στο 2300 π.Χ. Υπήρξε όμως μεταγενέστερα ανακατάληψη του λόφου, έχουν μάλιστα αποκαλυφθεί ένα Μεσομινωικό κτήριο (2200-1900π.Χ.) καθώς και ίχνη κατοίκησης κατάτους Ρωμαϊκούς χρόνους.

Tις πρώτες ανασκαφικές έρευνες έκαναν Αμερικανοί αρχαιολόγοι, η H. Boyd πρώτα και ο R.B. Seager λίγο αργότερα, στις αρχές της δεκαετίας του 1900. Στα 1970 άρχισαν συστηματικές ανασκαφές από τον Α. Ζώη για λογαριασμό της Αρχαιολογικής Εταιρείας. Καθαρίστηκε και ερευνήθηκε στρωματογραφικά η παλαιότερη ανασκαφή.Οι ανασκαφικές έρευνες συνεχίζονται ως και σήμερα.