H πόλη της Αρχαίας Θήρας, κτισμένη επάνω στο λόφο Μέσα Βουνό που δεσπόζει στη νοτιοανατολική ακτή του νησιού της Θήρας, ιδρύθηκε από Δωριείς αποίκους τον 8ο αι. π.Χ. και αποτελούσε από την εποχή της ίδρυσής της έως και το τέλος της αρχαιότητας το αστικό, διοικητικό και θρησκευτικό κέντρο της πόλης-κράτους της Θήρας.

Κατοίκηση στο νησί τεκμηριώνεται από τη νεολιθική εποχή (μέσα 5ης χιλιετίας π.Χ. τουλάχιστον). Διάσπαρτες εγκαταστάσεις, με κυριότερη τον οικισμό στο Ακρωτήρι, μαρτυρούν για την κατοίκησή του μέχρι και τα μέσα περίπου του 17ου αι. π.Χ., όταν μία σφοδρή ηφαιστειακή έκρηξη το κατακερματίζει και το ενταφιάζει κάτω από παχιές αποθέσεις ηφαιστειακών υλικών. Από τότε μένει έρημο για αιώνες. Μία μικρή εγκατάσταση στη θέση Μονόλιθος δείχνει την εκ νέου κατοίκησή του για κάποιο διάστημα στα τέλη της προϊστορικής εποχής (αρχές 12ου αι. π.Χ.), συστηματικά, όμως, και χωρίς διακοπή, επανακατοικείται από τον 8ο αι. π.Χ., στους ιστορικούς πια χρόνους, όταν εγκαθίστανται Δωριείς άποικοι. Στο νησί αναπτύσσονται πλέον, εκτός από την πόλη της Αρχαίας Θήρας, αρκετοί οικισμοί και μικρότερες εγκαταστάσεις σε διάφορες θέσεις του.

Oι πληροφορίες των γραπτών πηγών για τη Θήρα είναι περιορισμένες. Κατά τον αρχαίο ιστορικό Ηρόδοτο, ο Θήρας Αυτεσίωνος, το γένος Καδμείος, που βασίλευε στη Σπάρτη, μετά το θάνατο του βασιλιά Αριστοδήμου, ως επίτροπος των ανήλικων παιδιών του, όταν τα παιδιά ενηλικιώνονται και αναλαμβάνουν την αρχή, αναχωρεί, μαζί με πολλούς Λακεδαιμονίους και μερικούς Μινύες, για τη Θήρα, όπου ιδρύει αποικία και δίνει, ως οικιστής, το όνομά του στο νησί, που μέχρι τότε λεγόταν Καλλίστη. Από τον ίδιο πληροφορούμαστε, επίσης, ότι επίλεκτοι Θηραίοι, μετά από χρησμό του μαντείου των Δελφών, ιδρύουν το 631 π.Χ. στα παράλια της Β. Αφρικής, την Κυρήνη, μοναδική αποικία της Θήρας.

Κατά την έναρξη του Πελοποννησιακού πολέμου, το 431/0 π.X., η Θήρα εξαναγκάζεται να προσχωρήσει στην A΄ Aθηναϊκή Συμμαχία. Μετά τη συντριβή των Aθηναίων στη θέση Aιγός Ποταμοί το 404 π.X., περιέρχεται στη σφαίρα επιρροής της Σπάρτης, ενώ στη συνέχεια γίνεται μέλος της B΄ Aθηναϊκής Συμμαχίας που ιδρύεται το 376/5 π.X., στην οποία πρέπει να παραμένει μέχρι τη μάχη της Xαιρώνειας το 338 π.X., όπως και οι άλλες Kυκλάδες. Μετά το 288 π.X. περιέρχεται στη σφαίρα επιρροής των Πτολεμαίων, οι οποίοι στη συνέχεια τη μεταβάλλουν σε κτήση τους, εγκαθιστώντας φρουρά και οργανώνοντάς την ως κατεχόμενη περιοχή. Η περίοδος της πτολεμαϊκής κυριαρχίας που διαρκεί μέχρι το 145 π.Χ. είναι περίοδος ακμής για το νησί. Κατά τη ρωμαϊκή αυτοκρατορική εποχή η Θήρα εντάσσεται διοικητικά στην επαρχία της Aσίας, ενώ γύρω στα μέσα του 3ου αι. μ.Χ. φαίνεται να δέχεται επιδρομή από Γοτθικά φύλα? λίγο αργότερα, με τις διοικητικές μεταρρυθμίσεις του Διοκλητιανού, υπάγεται στη νεοσυσταθείσα «επαρχία των νήσεων», όπως το μεγαλύτερο μέρος των Kυκλάδων.

Η πόλη της Αρχαίας Θήρας ακμάζει κατά την αρχαϊκή και ελληνιστική περίοδο. Μαρτυρίες για την ακμή της κατά την αρχαϊκή εποχή και για τους πρώτους αιώνες κατοίκησής της προσφέρουν κυρίως τα νεκροταφεία της και οι τόποι λατρείας καθώς η συνεχής κατοίκηση δεν επέτρεψε να διασωθούν παρά λιγοστά μόνο οικοδομικά κατάλοιπα από την εποχή ίδρυσής της μέχρι την ελληνιστική περίοδο.

Στην τελευταία, στην οποία οφείλεται κυρίως και η μορφή με την οποία διασώζεται η πόλη, αναπτύσσεται έντονη οικοδομική δραστηριότητα. Τότε φαίνεται ότι διαμορφώνονται οι μεγάλες οικοδομικές νησίδες και κατασκευάζονται τα άνδηρα που καθορίζουν την εικόνα της πόλης, επάνω στα οποία κτίζονται τα οικοδομήματά της. Η Αγορά επεκτείνεται, ιδρύονται πολυάριθμα δημόσια κτήρια και η κατοικημένη περιοχή, περιορισμένη αρχικά στην απάνεμη έκταση γύρω από την Αγορά, εξαπλώνεται ακόμα και στα εκτεθειμένα στους ανέμους μέρη της ράχης. Παράλληλα πληθαίνουν οι τόποι λατρείας, ιδρύονται ιερά προς τιμήν ξένων θεοτήτων και των Πτολεμαίων βασιλέων, οι λατρείες των οποίων εισάγονται την περίοδο αυτή, και κτίζονται κτήρια για τη στέγαση θρησκευτικών συλλόγων. Την εποχή αυτή πληθαίνουν και τα γλυπτά που κοσμούν την αγορά, τα δημόσια κτήρια και τα ιερά, ενώ σχετικά πλούσιος είναι και ο εξοπλισμός των σπιτιών.



Στη ρωμαϊκή εποχή, κατά τον 1ο-2ο αι. μ.Χ., η οικοδομική δραστηριότητα, αν και σημαντικά περιορισμένη, συνεχίζεται. Η Αγορά επεκτείνεται ακόμα μία φορά, κατασκευάζονται δημόσια λουτρά και γίνονται εκτεταμένες επισκευές-μετατροπές σε δημόσια και ιδιωτικά κτήρια.

Από τον 3ο αι. μ.Χ. η πόλη παρακμάζει, καθώς προτιμάται η πλέον άνετη κατοίκηση στα ασφαλή τότε επίνειά της, κατοικείται, πάντως, και μετά το τέλος της αρχαιότητας, στους παλαιοχριστιανικούς χρόνους (4ος-6ος αι. μ.Χ.), εποχή κατά την οποία ιδρύονται δύο βασιλικές. Τον 8ο αι. μ.Χ., όταν οι αραβικές επιδρομές καθιστούν πλέον τη ζωή στα παράλια επικίνδυνη, προσφέρει, ερειπωμένη πια, καταφύγιο στους κατοίκους των επινείων της. Τότε κτίζεται τείχος στο δυτικό άκρο της ράχης, ιδρύεται ο ναός του Αγίου Στεφάνου επάνω στα ερείπια της μίας βασιλικής και κατασκευάζεται πλήθος πρόχειρων καταλυμμάτων από αρχαίο οικοδομικό υλικό ανάμεσα στα μισοερειπωμένα κτήριά της. Λίγο αργότερα παύει να κατοικείται οριστικά.

Η πόλη και τμήματα του εκτεταμένου νεκροταφείου της αποκαλύφθηκαν με τις ανασκαφές ευρείας κλίμακας που διενήργησαν ο γερμανός φιλόλογος-επιγραφολόγος Hiller von Gaertringen και οι συνεργάτες του (1896-1902). Ανασκαφική έρευνα με δαπάνη της Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας διενήργησε στο νεκροταφείο της πόλης και ο Έφορος Αρχαιοτήτων Ν. Ζαφειρόπουλος (1961-1982), ενώ από τη δεκαετία του 1990 μικρής κλίμακας ανασκαφές στην πόλη και τα νεκροταφεία της διενεργεί η ΚΑ΄ Εφορεία Προϊστορικών-Κλασικών Αρχαιοτήτων. Πολυάριθμα ευρήματα των ανασκαφών εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο στα Φηρά.

Κατά τα έτη 2003-2008, η ΚΑ΄ Εφορεία Προϊστορικών-Κλασικών Αρχαιοτήτων υλοποίησε στον αρχαιολογικό χώρο το έργο «Διαμόρφωση-Ανάδειξη Αρχαιολογικού Χώρου Αρχαίας Θήρας» (2003-2008), προϋπολογισμού 1.760.821,71 ευρώ, το οποίο συγχρηματοδοτήθηκε κατά 75% από την Ευρωπαϊκή Ένωση και 25% από το Ελληνικό Δημόσιο.