Στα μέσα του 6ου αι. π.Χ. ιδρύθηκε στα βορειοδυτικά του Ιερού Βράχου της Ακροπόλεως, ανάμεσα στους λόφους του Αρείου Πάγου και του Αγοραίου Κολωνού, η Αγορά των Αθηνών, η οποία για τους επόμενους τέσσερις τουλάχιστον αιώνες αποτέλεσε το κέντρο της πόλης των κλασικών και ελληνιστικών χρόνων. Σ' αυτήν ανεγέρθηκαν τα σημαντικότερα δημόσια κτήρια και ιερά του άστεως και αναπτύχθηκε έντονη διοικητική, πολιτική, δικαστική, εμπορική, κοινωνική, πολιτιστική και θρησκευτική δραστηριότητα. Η αλληλουχία των οικοδομημάτων της Αγοράς μέσα στο χρόνο αντικατοπτρίζει την εξελικτική πορεία του δημοκρατικού πολιτεύματος στους πέντε αιώνες ύπαρξης της πόλεως-κράτους.

Τα πρώτα ίχνη της κατοίκησης του ανθρώπου στον ευρύτερο χώρο της Αγοράς χρονολογούνται στην Ύστερη Νεολιθική εποχή (περ. 3000π.Χ.) και συνίστανται σε όστρακα χειροποίητων αγγείων που βρέθηκαν σε φρέατα και λάκκους. Κατά τις δύο επόμενες περιόδους, την Ύστερη Ελλαδική ή Μυκηναϊκή (1550-1100 π.Χ.) και την Εποχή του Σιδήρου (1.100-700π.Χ.) στην περιοχή εκτείνεται ένα νεκροταφείο, με θολωτούς και θαλαμωτούς τάφους στην πρώτη, με καύσεις και ενταφιασμούς στη δεύτερη. Παράλληλα αναπτύσσεται ένα μικρός γεωμετρικός οικισμός.

Tον 6ο αι. π.Χ. η πολιτεία με εκτεταμένες διαμορφώσεις μετέτρεψε τον χώρο αυτόν από ιδιωτικό σε δημόσιο για να φιλοξενήσει την Αγορά της πόλης. Τα πρώτα δημόσια κτήρια, η Νοτιανατολική Κρήνη και ο Βωμός των 12 Θεών, εμφανίστηκαν το 520 π.Χ., εποχή της τυραννίδας των Πεισιστρατιδών. Με την αλλαγή του πολιτεύματος και πάλι σε δημοκρατικό, το 508/7π.Χ. ξεκίνησε η έντονη οικοδομική δραστηριότητα στην Αγορά. Πρώτα κατασκευάστηκαν το Παλαιό Βουλευτήριο για τη νέα Βουλή και η Βασίλειος Στοά, έδρα του ’ρχοντα Βασιλέα. Τοποθετήθηκαν επίσης οι δύο λίθινοι όροι στη νοτιοδυτική της γωνία για να σημάνουν τον ιερό χώρο.

Η λεηλασία της Αγοράς από τα περσικά στρατεύματα το 480/479 π.Χ. μετέτρεψε πολλά από τα οικοδομήματά της σε ερείπια. Από το 2ο τέταρτο του 5ου αι. π.Χ. παρατηρήθηκε έντονη ανοικοδόμηση, η οποία συνεχίστηκε και μέσα στον 4ο αι. π.Χ. και συνδέεται άμεσα με την ακμή της Δημοκρατίας. Τότε κατασκευάστηκαν η Ποικίλη Στοά, η Θόλος, το Νέο Βουλευτήριο, η Στοά του Διός Ελευθερίου, η Ν. Στοά Ι, το Νομισματοκοπείο, τα Δικαστήρια, ο Ναός του Ηφαίστου, ο Ναός του Απόλλωνα Πατρώου, η Νοτιοδυτική κρήνη κ.ά. Την πολιτική παρακμή της Αθήνας που επέφερε η άνοδος του Μεγάλου Αλεξάνδρου στο βασίλειο της Μακεδονίας ακολούθησε η πολιτιστική ακμή του 2ου π.Χ. αιώνα. Η Αγορά της Αθήνας έλαβε την εποχή αυτή νέα μορφή με την ανέγερση των τριών μεγάλων στωικών οικοδομημάτων: της Μεσαίας Στοάς, της Νότιας Στοάς ΙΙ και της Στοάς του Αττάλου, δωρεάς του Βασιλιά της Περγάμου ’τταλου Β΄ στην κοιτίδα της φιλοσοφίας.

Μεγάλο πλήγμα στα οικοδομήματα της Αγοράς επέφερε η λεηλασία τους από τα στρατεύματα του Σύλλα το 86 π.Χ., ως τιμωρία επειδή οι Αθηναίοι τάχθηκαν με το μέρος του βασιλιά Μιθριδάτη του Πόντου και όχι των Ρωμαίων. Παρά τις καταστροφές η πόλη γνώρισε νέα ακμή κατά τους χρόνους της αυτοκρατορίας του Οκταβιανού-Αυγούστου (27π.Χ.-14 μ.Χ) και του Αδριανού (117-138 μ.Χ.). Στο κεντρικό τετράγωνο της Αγοράς ανεγέρθηκαν το Ωδείο για να φιλοξενήσει τις μουσικές εκδηλώσεις, ο Νοτιοδυτικός και ο Νοτιανατολικός ναός για τη λατρεία της αυτοκρατορικής οικογένειας και μεταφέρθηκε αυτούσιος από την Παλλήνη ο Ναός του ’ρη.

Το 267 μ.Χ. η εισβολή των Ερούλων κατέστρεψε εκ θεμελίων τα οικοδομήματα της Αγοράς. Στην επόμενη φάση ανοικοδόμησης της πόλης η περιοχή βρέθηκε εκτός του νέου οχυρωματικού περιβόλου και αναπτύχθηκαν σ' αυτήν τα πολυτελή συγκροτήματα των αστικών επαύλεων του 5ου και 6ου αι. μ.Χ., στα οποία άκμασε για τελευταία φορά η νεοπλατωνική φιλοσοφία. Οι αλλεπάλληλες επιθέσεις βαρβαρικών φύλων από το τέλος του 4ου έως τα τέλη του 6ου αι. μ.Χ., οπότε έγινε η Σλαβική επιδρομή, οδήγησαν και πάλι στην καταστροφή τα κτήρια της Αγοράς και αυτό είχε ως αποτέλεσμα την οριστική παρακμή του χώρου.