Η ανασκαφή του νεολιθικού οικισμού στο Μακρύγιαλο, είναι από τις πιο μεγάλες σωστικές ανασκαφές που έχουν ποτέ πραγματοποιηθεί στην Ελλάδα. Πραγματοποιήθηκε χάρη στις χρηματοδοτήσεις του ΟΣΕ και της Εθνικής Οδοποιίας κατά τη διάρκεια της κατασκευής των αντίστοιχων δημοσίων έργων. Η ανασκαφή διήρκεσε δύο περίπου χρόνια και απασχόλησε προσωπικό 150 ατόμων. Συγκεντρώθηκε πλήθος κινητών ευρημάτων που είναι μοναδικά για την περίοδο αυτή. Οι κατασκευές, που ήταν όλες από χώμα, δε στάθηκε δυνατό να διατηρηθούν στο χώρο, έγινε όμως αποτύπωση και φωτογράφησή τους με κάθε δυνατή λεπτομέρεια.