Στην αρχαιότητα, η φήμη της Σαμοθράκης προερχόταν από τη μυστηριακή της λατρεία των Μεγάλων Θεών, οι τελετές μύησης των οποίων υπόσχονταν προστασία στη θάλασσα και την ευκαιρία «γίνεσθαι κα? ε?σεβεστέρους κα? δικαιοτέρους κα? κατ? π?ν βελτίονας ?αυτ?ν το?ς τ?ν μυστηρίων κοινωνήσαντας» (Διόδωρος). Το ίδιο το ιερό έχει την αναμφισβήτητη αύρα του ιερού χώρου, ο οποίος φιλοξένησε γεγονότα που διαμόρφωσαν την αρχαία μυθολογία και ιστορία. Η μυθική οικογένεια του νησιού έδωσε τους γεννήτορες του Τρωικού γένους, εδώ γνωρίστηκαν οι γονείς του Μεγάλου Αλεξάνδρου και εδώ κατέφυγε ο τελευταίος Μακεδόνας βασιλιάς κυνηγημένος από τους Ρωμαίους. Η κοινότητα των μυημένων στη Σαμοθράκη κρατούσε απόρρητη τη φύση των τελετών μύησης.

Όπως στα Μυστήρια της Ελευσίνας, όσοι έπαιρναν μέρος για πρώτη φορά στα Μυστήρια της Σαμοθράκης ονομάζονταν μύσται (από το ρήμα μύω = κλείνω τα μάτια) και όσοι συμμετείχαν για δεύτερη φορά ονομάζονταν ?πόπται (από τον μέλλοντα ?πόψομαι του ρήματος ?φοράω = επιβλέπω, παρατηρώ, βλέπω, στρέφω το βλέμμα προς). Ένας είδος προκαταρκτικής μύησης πιθανόν γινόταν στον Θεατρικό Κύκλο (25). Μετά την προκαταρκτική αυτή ιεροτελεστία, οι μύστες με δεμένα τα μάτια περιπλανιόντουσαν στο σκοτάδι σε αναζήτηση της θεάς Αρμονίας, κόρης του Δία και της Ηλέκτρας. Σύμφωνα με τη μυθολογία της Σαμοθράκης, την Αρμονία είχε απαγάγει ο Κάδμος στο πέλαγος, όταν, στη διάρκεια της αναζήτησης της αδελφής του Ευρώπης, πέρασε από τη Σαμοθράκη. Η Αρμονία σώθηκε και μεταφέρθηκε πάλι στο νησί από τ’ αδέρφια της, τον Δάρδανο και Ιασίονα/Ηετίωνα, μορφές που συνδέονται στενά με τα μυστήρια και με την πολύ γνωστή ιδιότητα των Μεγάλων Θεών, τη σωτηρία των ναυαγών. Η ευτυχής έκβαση της αναζήτησης της Αρμονίας είχε τη μορφή της επιφάνειάς της και ενός ιερού γάμου. Ο γάμος της Αρμονίας με τον Κάδμο αναπαριστανόταν στην ιεροτελεστία της Σαμοθράκης που διαδραματιζόταν μέσα στο Κτίριο του Τελετουργικού Χορού (17) και απεικονιζόταν στη ζωφόρο που το περιέβαλλε.